Question

我做了一些研究，然后使用h5py模块将结果存储在HDF5文件中。我使用h5py模块和HDF5组的HDF查看工具多次打开和读取数据。一切正常，直到有一天我的计算机在HDF视图中打开文件时崩溃了。

重启电脑后，我无法再打开文件。 HDF查看工具显示一般错误：“打开文件时出错”

我用h5py编写了文件，所以我决定尝试用它来读取数据。该文件以libver ='latest'的swmr模式编写。我尝试了以下方法：

with h5py.File(fpath, 'r', swmr=True, libver='latest') as f:
    pass

返回错误“ OSError：无法打开文件（尚未为SWMR写入打开文件）”

with h5py.File(fpath, 'r') as f:
    pass

返回错误“ OSError：无法打开文件（文件已经打开可写（可以使用h5clear文件清除文件一致性标志））”

现在我想知道，是否在h5py模块中实现了h5clear选项？我在任何地方都找不到有关此信息。

编辑：删除了文件（抱歉）

Answer 1

给出一个引发此错误的hdf5文件Unable to open file (file is already open for write/SWMR write)，如果您没有办法重新创建该文件，则可以使用命令行工具h5clear清除文件一致性标志。

$> h5clear -s my_bad.h5

（在Windows 10或任何其他操作系统上）获得h5clear实用程序的一种方法是使用Anaconda Python发行版安装h5py（或熊猫，不确定是哪个负责）。在我的系统上，可执行文件位于环境bin目录：anaconda3/envs/my_env/Library/bin/h5clear中。我希望您也可以通过从pip安装h5py来获得此实用程序，尽管我尚未对此进行测试。

如果已安装Anaconda，则可以create an environment，安装软件包，然后在命令行中使用以下命令运行h5clear。在Windows上，我使用git-bash，但是如果正确设置路径，这也可以在Anaconda提示符下，甚至在Windows命令提示符下也可以使用。

$> conda create --name demo

$> source activate demo

(demo) 
$> conda install h5py pandas

(demo)
$> h5clear -s my_bad.h5

h5py清除文件一致性标记

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