在FORTRAN 90结构中使用MPI_type_contiguous和MPI_Type_CREATE_Subarray

时间:2011-03-18 10:55:36

标签: fortran mpi fortran90

您好   我正在尝试使用像这样的fortran结构

type some
   u                ! actual code will have 17 such scalars
end type some
TYPE(some),ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: metvars,newmetvars

现在我的测试程序的目的是从一个处理器发送10个数字到另一个处理器,但这10个数字的起点将是我的选择(例如,如果我有一个20个数字的向量而不是必要的,我将采取第一个10个数字到下一个处理器,但我想我的选择是从5到15)。所以首先你要像这样使用mpi_type_contiguous

 CALL MPI_TYPE_CONTIGUOUS(10,MPI_REAL,MPI_METVARS,ierr) ! declaring a derived datatype of the object to make it in to contiguous memory
 CALL MPI_TYPE_COMMIT(MPI_METVARS,ierr)

我执行send rec并且能够将前10个数字输入到另一个处理器(我正在为2个处理器测试它)

 if(rank.EQ.0)then
     do k= 2,nz-1
     metvars(k)%u = k
     un(k)=k
     enddo
 endif

我发送此

现在 对于第二部分,我使用了mpi_TYPE_CREATE_SUBARRAY 然后

   array_size = (/20/)
   array_subsize =(/10/)
   array_start = (/5/)

   CALL MPI_TYPE_CREATE_SUBARRAY(1,array_size,array_subsize,array_start,MPI_ORDER_FORTRAN,MPI_METVARS,newtype,ierr)
   CALL MPI_TYPE_COMMIT(newtype,ierr)

   array_size = (/20/)
   array_subsize =(/10/)
   array_start = (/0/)

   CALL MPI_TYPE_CREATE_SUBARRAY(1,array_size,array_subsize,array_start,MPI_ORDER_FORTRAN,MPI_METVARS,newtype2,ierr)
   CALL MPI_TYPE_COMMIT(newtype2,ierr)

  if(rank .EQ. 0)then
     CALL MPI_SEND(metvars,1,newtype,1,19,MPI_COMM_WORLD,ierr)
  endif

  if(rank .eq. 1)then
     CALL MPI_RECV(newmetvars,1,newtype2,0,19,MPI_COMM_WORLD,MPI_STATUS_IGNORE,ierr)
  endif

我不明白该怎么做。

我收到错误说

[flatm1001:14066] *** An error occurred in MPI_Recv
[flatm1001:14066] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[flatm1001:14066] *** MPI_ERR_TRUNCATE: message truncated
[flatm1001:14066] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (your MPI job will now abort)

我在本地机器上使用openmpi。我能够在没有mpi_type_contiguous部分的情况下使用subarray命令。但是,如果我将两者结合起来,因为在这种情况下我需要这样做,因为我在实际代码中有一个带有fortran的结构。我不知道是否有更好的方法来做到这一点。任何形式的帮助和建议都表示赞赏。 提前致谢

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

我假设您的自定义类型包含1个实数,因为它没有指定。您首先构造这些变量中有10个的有条件类型,即MPI_METVARS代表10个连续的实数。现在,我不知道这是否真的是问题,因为你发布的代码可能不完整,但它现在的样子是你构造一个10 MPI_METVARS类型的子数组,这意味着你在newtype中有100个连续的实数和newtype2。

处理结构的'正确'方法是使用MPI_TYPE_CREATE_STRUCT为它创建一个类型,它应该是你的MPI_METVARS类型。

因此,请为您的自定义类型提供正确的代码并检查newtype类型的大小。