从C ++中的SVS格式文件中提取完整比例的图像

Question

我正在尝试从C ++中的SVS文件中提取完整比例的图像。

我从the OpenSlide homepage看到了一个解释。 它说SVS格式是“单文件金字塔平铺的TIFF”。

因此，我尝试像提取TIFF图像一样提取整个比例的图像：我从SVS文件读取了所有IFD，但是没有273标记包含指向整个比例的图像的地址。

这就是为什么我现在有点困惑，SVS格式的文件中没有完整比例的图像？

我从SVS文件中找到了一个未定义的私有标签，编号为34675。该标签用于完整比例的图像吗？ 还是有提取它的正确方法？

Answer 1

Aperio SVS是平铺格式。金字塔的所有级别均为平铺图像。基础层是第一个TIFF目录。 This page of the LibTiff documentation展示了如何读取平铺图像。

简而言之，您需要查找标签324（TIFFTAG_TILEOFFSETS）以及标签322和323（TIFFTAG_TILEWIDTH，TIFFTAG_TILELENGTH）。我强烈建议您为此使用LibTiff，不要尝试自己动手制作。

SVS文件中的自定义标签包含元数据，包括以微米为单位的像素的物理尺寸（SVS不会设置分辨率TIFF标签）。

Answer 2

您可以读出缩略图图像（这是整个比例图像的意思吗？）作为openlide关联图像。

例如，libvips具有由openslide作者编写的便捷的openslide绑定：

$ vipsheader -f slide-associated-images CMU-1.svs
label, macro, thumbnail

列出SVS文件中的图像。 macro是您默认获得的巨大金字塔，thumbnail是较小的概览，label是幻灯片标签的快照。

像这样获取缩略图：

$ vips copy CMU-1.svs[associated=thumbnail] x.jpg

以JPG图像形式阅读。

在C ++中，您可以编写：

VImage thumb = VImage::new_from_file("CMU-1.svs", 
    VImage::option()->set("associated", "thumbnail"));
thumb.write_to_file("x.jpg");