Question

我正在尝试对使用OpenSlide库的SVS图像（整个幻灯片图像）应用前景提取。

首先，我将图像转换为数组以进行前景提取：

image = np.asarray(oslIm.read_region((0, 0), level, oslIm.level_dimensions[level]), dtype=np.uint8)[:, :, 0:3]

之后，我生成了蒙版，并将其应用于转换后的图像：

plt.imshow(image * final_mask[:, :, np.newaxis])
plt.xticks([])
plt.yticks([])
plt.savefig("./masks/ResultingImage.png", format='png', dpi=90, pad_inches=0.1, bbox_inches='tight');
plt.close()

我想要的是将图像再次转换为svs，这样我就可以在原始图像的前景上工作并应用我的补丁提取器（将图像平铺在补丁中以方便注释）

def sample_and_store_patches_by_row(
        file_name,
        pixel_overlap,
        patch_size=512,
        level=17,
):

我该怎么做？

致谢

Answer 1

不幸的是，openslide 不支持写入 WSI 文件。我在编写大文件方面遇到的最好的事情是 pyvips。

如果我错了，请纠正我，但我认为没有任何方法可以保存特定的 svs 文件，因为它是一种专有格式。

this answer 中有一个如何制作 WSI 类型文件的示例

将图像数组转换为原始SVS格式

1 个答案: