Question

我正在努力使R代码自动化，以便不必每次都指定文件位置，而只需指定父文件夹的位置即可。在父文件夹内，将有n个子文件夹容纳需要的文件。

当前，我正在做的是手动指定所有子文件夹的位置。

代码如下：

First a function:

```{r include = T}

        loadSC <- function(path){
        sc <- read10XResults(path)


        Genes <- as.character(rowData(sc)[startsWith(rowData(sc)$symbol, "mt-"),]$id)

        isSpike(sc, "MT") <- rownames(sc) %in% Genes

        sc <- calculateQCMetrics(sc, 
                                  feature_controls = list(
                                    MT =  isSpike(sc, "MT")
        ))
    }

```

指向文件（这是我想要的，它要它自动识别子文件夹的数量。在这里，我们有5个子文件夹K1，K2，K3，K4，K5，并在其中查找文件）< / p>

```{r include = T}
        sc_1 = loadSC("Sample/K1/outs/matrices/mm10/")
        sc_2 = loadSC("Sample/K2/outs/matrices/mm10/")
        sc_3 = loadSC("Sample/K3/outs/matrices/mm10/")
        sc_4 = loadSC("Sample/K4/outs/matrices/mm10/")
        sc_5 = loadSC("Sample/K5/outs/matrices/mm10/")

    ```

此外，在此下方，我有类似的块，也需要循环输入。

```{r include = T}
    metadata(sc_1)["name"] <- "iM-1"
    metadata(sc_2)["name"] <- "iM-2"
    metadata(sc_3)["name"] <- "iM-3"
    metadata(sc_4)["name"] <- "iM-4"
    metadata(sc_5)["name"] <- "iM-5"
```

我正在Rmarkdown中这样做。

一些指导或可行的例子确实会有所帮助。

提前谢谢

Answer 1

想象您的数据存储方式如下：

样本（父文件夹）
-> / K1（子文件夹）
-> / K2
-> / K3
...

一种简单的访问数据的方法是：

# This function gets all the folder paths inside "Sample" 
paths <- list.dirs(path = "Sample", recursive = FALSE)
# To access the data, you should get used to lapply()
data <- lapply(paths, loadSC)
# To keep an overview where the data is from
names(data) <- paths

因此，您将获得包含所需数据的综合命名列表。您可能必须调整您的loadSC（），但是将来您只需要更改父文件夹即可分析另一个数据集。干杯

自动在R中放置文件

1 个答案: