Question

所以，我下载了一个包含900个txt文件的数据集，每个生物样本一个。我想要做的是将所有这些数据合并到R中的一个数据矩阵中。

txt_files = list.files()

# read txt files into a list 
for (i in length(txt_files)){
  x <- read.table(file=txt_files[i], sep="\t", header=TRUE, row.name=1)
}

所有文件都在一个文件夹中，因此我使用list.files()来查询所有文件名。然后我想将每个表读入一个单独的R对象（在本例中称为x）。问题是我想在实际文件的名称之后命名每个对象而不是x。

我尝试了几件事并尝试搜索互联网，但尚未找到解决方案。我找到的一件事是使用lapply将它们全部导入数据列表。

data_list = lapply(txt_files, read.table, sep = "\t")

但是，我不认为这对我来说是合适的，因为此后数据矩阵不再可用。我希望有一个人可以帮助我。

Answer 1

命名连接（尤其是顺序）事物通常是一件坏事。接下来你要做的就是遍历这些东西，这意味着通过将位粘贴在一起来构造名称。一团糟。

尽可能将内容存储在列表中。你做到了。我创建了一些CSV文件：

> txt_files=c("f1.txt","f2.txt","f3.txt","f4.txt","f5.txt")
> data_list = lapply(txt_files, read.table, sep = ",")
> data_list[[1]]
  V1 V2 V3
1  1  2  3
> data_list[[3]]
  V1 V2 V3
1  1  2  3
2  5  4  3
3  1  2  3

现在我可以使用for(i in 1:length(txt_files))循环播放它们，并使用txt_files[i]获取文件的名称，依此类推：

> for(i in 1:length(txt_files)){
+ cat("File is ",txt_files[i],"\n")
+ print(summary(data_list[[i]]))
+ }

File is  f1.txt 
       V1          V2          V3   
 Min.   :1   Min.   :2   Min.   :3  
 1st Qu.:1   1st Qu.:2   1st Qu.:3  
 Median :1   Median :2   Median :3  
 Mean   :1   Mean   :2   Mean   :3  
 3rd Qu.:1   3rd Qu.:2   3rd Qu.:3  
 Max.   :1   Max.   :2   Max.   :3  
File is  f2.txt 
       V1          V2          V3   
 Min.   :1   Min.   :2   Min.   :3  
 1st Qu.:1   1st Qu.:2   1st Qu.:3  
 Median :1   Median :2   Median :3  
 Mean   :1   Mean   :2   Mean   :3  
 3rd Qu.:1   3rd Qu.:2   3rd Qu.:3  
 Max.   :1   Max.   :2   Max.   :3  
 ...

[等]

Answer 2

您可以这样做：

names(data_list) <- txt_files

或者也许：

names(data_list) <- basename(txt_files)

或者可以使用sapply代替lapply。

Answer 3

如果没有看到您的数据，可能会按以下方式应用assign：

txt_files = list.files()

# read txt files into a list 
for (i in length(txt_files)){
  x <- read.table(file=txt_files[i], sep="\t", header=TRUE, row.name=1)
  assign(paste(txt_files[i], "name", sep="."), x)
}

您也可以使用get回调每个创建的对象：

x <- get(paste(txt_files[i], "name", sep="."))

在R中导入多个文件时自动对象命名

3 个答案: