R：如何在for循环中索​​引R对象（Seurat）

Question

我正在尝试使用for循环来简化以下代码：

a1 <- CreateSeuratObject (raw.data = a1.data)
a2 <- CreateSeuratObject (raw.data = a2.data)
a3 <- ...

我尝试了以下操作：

samples <- c("a1", "a2", "a3")
samples.data <- c("a1.data", "a2.data", "a3.data")
for (i in samples) {
  for (j in samples.data) {
    i <- CreateSeuratObject(raw.data = j)    
  }
}

但是它返回以下错误：

Error in base::colSums(x, na.rm = na.rm, dims = dims, ...) : 
 'x' must be an array of at least two dimensions

CreateSeuratObject函数本质上是尝试读取sample.data矢量，而不是索引矢量中的对应项。我该如何解决？

Answer 1

这是您想要做的三种方式。我建议您不要使用第一种方式。

samples <- c("a1", "a2", "a3")
samples.data <- c("a1.data", "a2.data", "a3.data")

for (i in seq_along(samples)) {
    assign(samples[i], CreateSeuratObject(raw.data = samples.data[i]))
}

samples_list <- vector("list", length = length(samples))
for (i in seq_along(samples)) {
  samples_list[[i]] <- CreateSeuratObject(raw.data = samples.data[i]))
}
names(samples_list) <- samples

samples_list2 <- lapply(samples.data, CreateSeuratObject)
names(samples_list2) <- samples