我的snakemake管道中是否可以有多个动态通配符?

时间:2018-11-14 13:49:57

标签: python dynamic wildcard snakemake

我有一个工作的带有动态通配符的snakemake管道。但是,当我尝试添加使用新的/不同的动态通配符的新规则时,一切都将停止工作。

我的问题是:我的管道中可以有多个动态通配符吗?

这是我的一般工作流程

  1. 将宏基因组学读入物种簇
  2. 使用每个垃圾箱/物种的蛋白fasta,为每个垃圾箱生成一个基因组规模模型(需要一个动态通配符)
  3. 使用每个垃圾箱/物种的DNA fasta生成每个垃圾箱的丰度和分类报告(这需要另一个通配符)

我的第二个问题是:除了使用满足我要求的dynamic()之外,还有其他方法吗?还是我绝对需要使用dynamic()?

如果可以帮助回答我的问题,我可以发布我的规则/代码。 预先感谢。

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