r协方差矩阵和相关矩阵

Question

您好，我正在使用ipred软件包中的数据营养不良。 我使用了一个子集来将其与运营商和普通用户分开：

carrier = subset(dystrophy,dystrophy$Class == "carrier")
normal = subset(dystrophy,dystrophy$Class == "normal")

并且我只选择了在医院就诊过1次的患者来简化此数据：

carrier = subset(carrier,carrier$OBS == "1")
normal = subset(normal,normal$OBS == "1")

所以现在我想练习计算蛋白质的均值矢量，协方差矩阵和相关矩阵，但是要按组（类因子）进行计算。

我曾经尝试过cor和cov，但是我认为我做错了。任何帮助，将不胜感激。谢谢！

Answer 1

这可能会让您入门。使用变量，您可以使用以下方法获得每种蛋白质的均值：

sapply(carrier[,6:9], mean, na.rm=T)
sapply(normal[,6:9], mean, na.rm=T)

对于相关性和协方差，您可以使用：

cor(carrier[,6:9], use="pairwise.complete.obs")
cor(normal[,6:9], use="pairwise.complete.obs")

cov(carrier[,6:9], use="pairwise.complete.obs")
cov(normal[,6:9], use="pairwise.complete.obs")

这里的6:9部分将计算限制在蛋白质上，并且不包括Age等其他功能。 use="pairwise.complete.obs"部分在那里处理缺失值。