Question

我使用TraMineR软件包中的seqdist函数。

首先，我计算seq.all中的2条轨迹：

seqdist(seq.all[1:2,], method="OM", indel=1.1, sm=couts)


         [,1]     [,2]
[1,]  0.00000 46.91843
[2,] 46.91843  0.00000

因此，这些轨迹之间的距离似乎是46.91843。

但是当我使用参数refseq时：

seqdist(seq.all[1,], method="OM", indel=1.1, sm=couts,refseq = seq.all[2,])

[1] 60.32636

现在，这些轨迹之间的距离似乎是60.32636。

诀窍是什么？

Answer 1

通过将序列的索引作为refseq参数传递，可以得到所有序列到所考虑序列对象的序列之一的距离。因此，您可以使用

获得两个序列之间的距离

seqdist(seq.all, method="OM", sm=couts, indel=1.1, refseq=2)[1]

尽管如此，您的代码也应该可以工作，并且应该提供相同的值。

这是将refseq序列作为序列对象传递时可能发生的错误。我们将对其进行修复，并在接下来的几天内在R-Forge上提供新版本。