为什么R中的`system()`命令占用大量内存?

时间:2018-11-08 15:42:37

标签: r

考虑:

> setwd('~/tmp/')
> list.files()
[1] "bar"    "foo"    "foobar"
> system("ls")
Warning messages:
1: In system("ls") : system call failed: Cannot allocate memory
2: In system("ls") : error in running command

当我有接近9GB的RAM显示未使用时发生。我想知道为什么system()函数会占用大量内存。如果万一您想要我的sessionInfo(),请对不起:

sessionInfo()
Error in system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE) : 
  cannot popen '/usr/bin/which 'uname' 2>/dev/null', probable reason 'Cannot allocate memory'

所以这正是我发布此问题的原因。这种内存密集型操作严重限制了R连接到任何其他程序的能力。在我的情况下,我尝试使用htmlwidgets::saveWidget(),它使用pandoc检查system('which pandoc')的存在并最终失败。


sessionInfo在香草模式下使用@hrbmstr的建议:

> sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.1

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