重命名系统提示标签

Question

我想在我的类phylo的树中给一个物种起一个新名称（使用ape包）。

我尝试过：

tree$tip.label["speciesX"] <- "speciesY"

这没有做我想要的。有什么建议么？

Answer 1

问题是您无法按照自己的方式对提示标签建立索引（您要替换 value 为“ speciesX”的提示标签，而不是 name < / em>是“ speciesX”；提示标签向量没有名称）。听起来很傻，您需要像return std::max(currentdigit, maxofotherdigits); 这样的东西来确定要替换的正确值。

示例：

tree$tip.label[tree$tip.label=="speciesX"]

重命名：

## create a tree, from ?read.tree
s <- "owls(((Strix_aluco:4.2,Asio_otus:4.2):3.1,Athene_noctua:7.3):6.3,Tyto_alba:13.5);"
cat(s, file = "ex.tre", sep = "\n")
tree.owls <- read.tree("ex.tre")

您可以编写一个函数来执行此操作，例如（未经测试！）

tree.owls$tip.label[tree.owls$tip.label=="Asio_otus"] <- "something_else"