Question

我有一个.tre格式的系统树和随附的数据集。树的确切形式无关紧要，它只是随机的系统发育树。数据集有两列：名称和颜色。

当绘制这样的树时，我很可能会从随附的数据集中为树添加着色点（两种不同的颜色）。问题是当我使用以下代码时：

ggtree(RANDOMTREE) + geom_tippoint(pch=16, col=RANDOMDATA$color) + geom_tiplab(offset=0.1)

它为点着色，但是颜色当然具有它们在随附数据集中的顺序。

但是我想根据树中物种的名称将颜色与数据集中的颜色进行匹配（它们的格式相同，但顺序不同）。我还没有弄清楚。你能帮我吗？

非常感谢您。

示例代码：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")
library(ggtree)

tree<-read.tree(text="(spec1,((spec2,(spec9,(spec3,spec5))),spec8,(spec6,(spec7,spec4))));")
dataset1<-data.frame("name" = c("spec1","spec2","spec3","spec4","spec5","spec6","spec7","spec8","spec9"), "colour" = c("red","red","blue","red","red","blue","blue","red","blue"))

ggtree(tree) + geom_tiplab() + geom_tippoint(pch=16, col=as.factor(dataset1$colour))

我得到的是： wrongly labeled tree

我想得到什么： correctly labeled tree

Answer 1

我可以进行正确的分组，但是不能正确地进行着色

p <- ggtree(tree) + geom_tiplab()
p <- p %<+% dataset1 + geom_tippoint(pch=16, aes(col=colour))
p

我以此为参考：https://aschuerch.github.io/posts/2017-04-24-blog-post-1。软件包的文档不正确。您可以通过切换“红色”和“蓝色”来实现所需的目标：p

它接受颜色的顺序并将其与内置的色标配对。因此，如果标度以（红色，蓝色）开头，而您的序列是（蓝色，红色），则其按该顺序匹配。有道理吗？

edit：安装此软件包是一场噩梦，如果有一个更简单的软件包，例如https://cran.r-project.org/web/packages/data.tree/vignettes/data.tree.html，我建议您尝试其他人。它卸载了我的许多核心软件包，例如dplyr和data.table，它具有大量的依赖项

基于ggtree中的外部数据集为标签着色

1 个答案: