从adehabitatHR中的核估计器提取概率密度值

时间:2018-10-30 20:58:52

标签: r kernel-density adehabitathr resource-utilization

我对利用核密度估计器的利用率分布来分析动物的资源选择感兴趣,类似于Rittenhouse等。 2008年发表在《 Environ Ecol Stat》上的“使用多因素逻辑回归和核密度估计对资源选择进行建模”中。 我想到的最终目标是:根据重定位点为每只动物开发利用率分布,使用利用率分布值确定使用的顺序因素(低,中,高),然后使用在每个动物处测得的资源属性创建模型位置。

我正处于此程序的起步阶段,因此我想与该社区共享一些技术。

我正在使用adehabitatHR,并且发现包装信息中的此特定部分可能描述了我想要的内容:“有时候,在已经可用的栅格地图的每个像素中估算UD很有用。当UD的值稍后与环境变量的值相关时,这在栖息地选择研究中会很有用。”(第22页)

这是我正在使用的代码(来源:包装文件中的示例):

library(adehabitatHR)
library(rgdal)

data(puechabonsp)
kudm = kernelUD(puechabonsp$relocs[,1], grid = puechabonsp$map)
kudm.spdf=estUDm2spixdf(kudm)

然后我将空间像素数据帧写入csv。输出在列中包含四个动物,然后在设置地图的范围内,每一行都是一个不同的位置。一切都很好。但是,如果这是一个概率密度函数,那么每个动物的总和不应该等于一吗?当我为一种动物求和时,例如本例中的“布洛克”,该列的总和为9.9987e-05。

对于这种或另一种通过R中的核密度估计器中的坐标来提取概率密度值的方法的解释将不胜感激。

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