我在转换基因型文件方面经验不足，但我想知道是否可以将hap映射文件转换为VCF基因分型文件以导入R？是否有任何R代码或参考入门？谢谢。
我正在寻找一个名为linkimpute的程序，但它需要一个VCF文件。我只有一个hapmap文件http://www.cultivatingdiversity.org/software。
关于是否可以将Hapmap转换为VCF文件或是否需要其他选择的任何建议。到目前为止，这是我的r代码。
system("java -jar LinkImputeR.jar -s accuracy.ini")
system("java -Xmx6G -jar LinkImputeR.jar impute2.xml -a output.txt")
我知道有代码可以将VCF转换为hapmap文件，但是我只需要将hapmap转换为VCF。