意外标记`('附近的语法错误:将awk结果输出为变量

时间:2018-10-29 15:18:48

标签: bash variables awk

我想使用awk处理制表符限制的文件文本,并将输出设置为unix中的变量。

我想i)选择第一列和第三列中具有唯一值组合的行; ii)通过增加第一列的数值进行排序; iii)提取第一列;等等.. 所以我使用了以下脚本:

locus_overmerged=$(awk -F"\t" '!seen[$1, $3]++' <(gzip -dc $id) | sort -n -k1,1 | cut -f1 | uniq -dc | awk '{print $2}')

如果我在终端中手动运行它,则它可以工作。但是,当我在脚本中输入此命令时,出现以下错误:

syntax error near unexpected token `('
` awk -F"\t" '!seen[$1, $3]++' <(gzip -dc $id) | sort -n -k1,1 | cut -f1 | uniq -dc | awk '{print $2}' )'

对可能是什么问题有任何想法吗?

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