如何在Python中解析PDB文件？

Question

我想创建一个可以从任何PDB文件中解析以下内容的函数：

1. 每个螺旋的螺旋ID和长度

2. sheetID，链数和残基总数

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f=open('5ogb.pdb')
lines=f.readlines()

print lines[337] 
print lines[338]

print "helixID= AA2"

请问如何改善此代码？预先感谢。

Answer 1

有很多不同的软件包可以做到这一点。我会使用biopython的Bio.PDB模块。这是一个tutorial来帮助您入门。