Question

我们最近在我的办公室里安装了RStudio Connect。对于我们的工作，我们制作了自定义软件包，我们通过打开项目并进行构建和重新加载来对它们进行更新。

我知道我可以使用RSConnect使自定义程序包在应用程序中工作的唯一方法是建立本地存储库，并设置options(repos)使其包含其中。

目前，我有以下内容：

library(drat)

RepoAddress <- "C:/<RepoPath>" # High level path

drat::insertPackage(<sourcePackagePath>, repodir = RepoAddress)

# Add this new repo to Rs knowledge of repos.
options(repos = c(options("repos")$repos,LocalCurrent = paste0("file:",RepoAddress)))

# Install <PackageName> from the local repo :)
install.packages("<PackageName>")

当前，这很好用，我可以从本地存储库安装我的自定义软件包。这向我表明本地仓库已正确设置。

此外，我将DESCRIPTION文件更改为在一行中加上repository:LocalCurrent。

但是，当我尝试部署引用的Shiny应用程序或Rmd时，在部署时出现以下错误：

Error in findLocalRepoForPkg(pkg, repos, fatal = fatal) : 
  No package '<PackageName> 'found in local repositories specified

我知道这是一个问题，packrat在部署过程中无法找到我的本地存储库（我相信在使用packrat::snapshot()的阶段）。这令人困惑，因为我本以为packrat将使用我的option("repos")仓库，类似于install.packages。如果我遵循这些功能，我会看到特定的故障点是packrat:::findLocalRepoForPkg("<PackageName", repos = packrat::get_opts("local.repos"))，即使定义了packrat::set_opts("local.repos" = c(CurrentRepo2 = paste0("file:",RepoAddress)))

，该故障点也会失败

如果我深入研究packrat:::findLocalRepoForPkg，它将失败，因为它找不到名为“ C：//”的文件/文件夹。我本以为这肯定会失败，因为回购遵循C：//bin/windows/contrib/3.3/结构。回购在任何时候都不会拥有它想要的结构吗？

我认为这最后一部分表明我对某些事情有严重的误解。有关配置我的存储库的任何指导，以便packrat都能理解，这是很好的。

Answer 1

现在应该始终检查RStudio connect支持的选项： https://docs.rstudio.com/connect/admin/r/package-management/#private-packages

我个人不喜欢包含本地/私有软件包的所有选项，因为它违背了为部署闪亮的应用程序提供良好目标的目的。在许多情况下，我不能只在组织中建立本地存储库，因为我没有这样做的权限。我也必须通过电子邮件发送给IT支持人员以使其手动安装新软件包，这也很不方便。总的来说，我认为RS connect是一个很棒的产品，因为它很简单，但是当涉及到本地软件包时，它确实不是。

我找到了Rstudio官方推荐的不错的替代品/ Hack。我想这也可以与shinyapps.io一起使用，但是我还没有尝试过。解决方案如下：

添加到global.R if（！require（local_package））devtools :: load_all（“ ./ local_package”）
编写一个脚本，该脚本复制所有源文件，这样您将获得一个Shinyapp，其中包含本地包的源目录，您可以为该目录调用./inst/shinyconnect/或本地包将使用的目录复制到./inst/shinyconnect/local_package 清单。
将脚本./shinyconnect/packrat_sees_these_dependencies.R添加到闪亮的文件夹中，这将由packrat-manifest提取
在构建时缺少rsconnet / packrat来忽略专门命名的软件包

（1）

#start of global.R...
#load more packages for shiny
library(devtools) #need for load_all
library(shiny)
library(htmltools) #or what ever you need


#load already built local_package or for shiny connection pseudo-build on-the-fly and load
if(!require(local_package)) {
  #if local_package here, just build on 2 sec with devtools::load_all()
  if(file.exists("./DESCRIPTION")) load_all(".") #for local test on PC/Mac, where the shinyapp is inside the local_package
  if(file.exists("./local_package/DESCRIPTION")) load_all("./local_package/") #for shiny conenct where local_package is inside shinyapp
}
library(local_package) #now local_package must load

（3） 使脚本加载本地包的所有依赖项。 Packrat会看到这个。该脚本将永远不会实际执行。将其放在./shinyconnect/packrat_sees_these_dependencies.R

#these codelines will be recognized by packrat and package will be added to manifest
library(randomForest)
library(MASS)
library(whateverpackageyouneed)

（4）在部署期间，清单生成器（packrat）将忽略任何已命名的local_package的存在。这是packrat中的一个选项，但是rsconnect不公开此选项。一种方法是将rsconnect加载到内存，并修改sub-sub-sub-function performPackratSnapshot()以允许这样做。在下面的脚本中，我这样做并部署了一个闪亮的应用程序。

library(rsconnect)


orig_fun = getFromNamespace("performPackratSnapshot", pos="package:rsconnect")

#packages you want include manually, and packrat to ignore
ignored_packages = c("local_package")

#highjack rsconnect
local({
  assignInNamespace("performPackratSnapshot",value =  function (bundleDir) {
      owd <- getwd()
      on.exit(setwd(owd), add = TRUE)
      setwd(bundleDir)
      srp <- packrat::opts$snapshot.recommended.packages()
      packrat::opts$snapshot.recommended.packages(TRUE, persist = FALSE)
      packrat::opts$ignored.packages(get("ignored_packages",envir = .GlobalEnv)) #ignoreing packages mentioned here
      print("ignoring following packages")
      print(get("ignored_packages",envir = .GlobalEnv))
      on.exit(packrat::opts$snapshot.recommended.packages(srp,persist = FALSE), add = TRUE)
      packages <- c("BiocManager", "BiocInstaller")
      for (package in packages) {
        if (length(find.package(package, quiet = TRUE))) {
          requireNamespace(package, quietly = TRUE)
          break
        }
      }
      suppressMessages(packrat::.snapshotImpl(project = bundleDir,
                                              snapshot.sources = FALSE, fallback.ok = TRUE, verbose = FALSE,
                                              implicit.packrat.dependency = FALSE))
      TRUE
    },
    pos = "package:rsconnect"
  )},
envir = as.environment("package:rsconnect")
)


new_fun = getFromNamespace("performPackratSnapshot", pos="package:rsconnect")
rsconnect::deployApp(appDir="./inst/shinyconnect/",appName ="shinyapp_name",logLevel = "verbose",forceUpdate = TRUE)

Answer 2

问题是术语之一。

我已经建立了CRAN的仓库。它工作正常，还可以。当packrat引用local repo时，它是指本地git风格的仓库。

这解决了为什么findlocalrepoforpkg看起来不起作用的原因-它旨在与其他类型的repo一起使用。

Answer 3

请随时与我们联系support@rstudio.com

我认为，由于软件包的描述文件中缺少Repository: value行，因此在packrat中触发了本地软件包代码路径。您提到添加了这一行，可以尝试区分大小写的版本吗？

也就是说，RStudio Connect将无法按照您指定的方式从RepoAddress安装软件包（在Windows共享上进行硬编码）。我们建议从开发环境和RStudio Connect都可以访问的服务器上通过https托管您的存储库。为了使这种类型的回购设置更加容易，我们刚刚发布了RStudio Package Manager，您（和IT人士）可能会找到一种引人注目的替代方法，可以通过drat手动管理内部软件包的发布。

RStudio Connect，Packrat和本地存储库中的自定义软件包

3 个答案: