Question

我正在使用R，RStudio，knitr和packrat创建报告。我有一个类似于以下内容的项目文件夹结构：

project_folder/
    - packrat/
    - .Rprofile
    - analaysis_folder/
        - library.R
        - child.rnw
    - data_folder/
    - knitr_rnw_location/
        - file.rnw
        - .Rprofile

并根据RStudio's Limitations and Caveats page中的建议，在主.Rprofile和project_folder文件的子目录中的相应行中设置了.rnw。 / p>

当我在packrat::init()级别运行project_folder时，将建立packrat文件夹。然后，当我打开file.rnw时，packrat库就全部设置好了。

但是，当我执行packrat::snapshot()时会出现错误

Unable to tangle file knitr_rnw_location/file.rnw; cannot parse depndencies

并且失败。有没有办法告诉packrat忽略我的.rnw文件？所有library()都是从单独的.R脚本中调用的，并且是source()至.rnw文件。它还搜索knitr块中声明的所有变量，并给出错误

Error in eval(x, envir = envir): object 'my_variable_name' not found

最后，它会声明

Snapshot written to "~/project_folder/packrat/packrat.lock"

所以我只能假设packrat::snapshot()是成功的。使用knitr和packrat时是否还有其他人遇到相同的问题？

非常感谢

忽略packrat搜索中的特定文件

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