素食主义者中simper的摘要功能为我的数据提供了类似于以下的输出：
summary(with(env, simper(species, env$Habitat)))
Contrast: Fringe_Mudflat
average sd ratio ava avb cumsum
Bairdiella ronchus 0.255035 0.142025 1.7957 48.3333 50.6667 0.4708
Diapterus rhombeus 0.054406 0.086815 0.6267 6.1667 1.8333 0.5712
Stellifer colonensis 0.048659 0.086382 0.5633 5.5000 3.5000 0.6611
Sphoeroides testudineus 0.038510 0.041463 0.9288 0.0000 5.3333 0.7322
Anchovia clupeoides 0.026492 0.026885 0.9854 1.5000 3.6667 0.7811
从我读过的书中看来，这些百分比（平均值和总和）显示出百分比对两组之间差异的贡献。但是，第一个物种显然在每个组（ava和avb）中具有非常接近的均值，因此实际上看起来是在拾取该物种，因为它们在组之间是相似的而不是不相似的。有谁知道这是否绝对是相异或相近或混合？
为什么“平均”与第一个“求和”如此不同，并且应该在论文中介绍哪个？
是否可以同时显示不相似和相似的百分比。我看到有人在论文中介绍这一点，我想他们是从Primer获得的，但我想在R中做到这一点。
答案 0 :(得分：1)
有人知道这是绝对不相似还是相似或混合？
'vegan :: simper（）'被定义为每种物种对Bray-Curtis距离的贡献，如原始论文所述。
为什么“平均”与第一个“求和”如此不同，并且应该在论文中介绍哪个？
文档在此处不明确。如原始论文中所述，总和以总距离的百分比表示。
请注意，简单
非常严重地混淆了组间差异与组内差异的平均值
数据集可能就是这种情况。