Question

我想创建一个包含100个这样的字符串的数组：

sequence = []


for i in range(0, 16):
    sequence.append(np.random.choice(nucleotides, 1, p = pfmNew[:,i]))

sequence=[val for sublist in sequence for val in sublist]  
sequence = "".join(sequence)

print(sequence)

这是我得到的输出：

TCGTTCACAGTGACAT

现在我想做100次，并将它们放在一个这样的数组中：

['TCGTTCACAGTGACAT', 'next string', ...]

Answer 1

您快到了，通过将size中的np.random.choice参数设置为16一次采样16个核苷酸，可以改善您提供的骨架代码。然后，您只需遍历那100次。

nucleotides = list('ACGT')

sequence = []

for _ in range(100):
    sequence.append(''.join(np.random.choice(nucleotides, 16, p = pfmNew[:,i])))

# Or you can replace the loop by a list comprehension:
# sequence = [''.join(np.random.choice(nucleotides, 16, p = pfmNew[:,i])) for _ in range(100)]

# Take a look at the first 10:
sequence[:10]

['TTCACTACCCGCAAAC', 'CTCCTGATACAGATCG', 'CTTGACGATGCTCCGA', 'ATGACCAATGAAGCCG', 'TTGCCGACGTCGATTG', 'ATATTCTTGCGCAGGT', 'CTTAGCCCATCACCCC', 'GGGTTTCCGCCTCGTA', 'ACGTCAAGTGCAGTGC', 'GGTAGATCCGAAACGC']

在一个数组中创建100个字符串（python）

1 个答案: