我是python的新手,所以我会很感激每一个帮助... 我的问题如下: 我用python编写了一个程序,用于分析庞大数据库(超过600个基因)的基因序列。借助write()函数,程序应将结果插入文本文件-每个基因一个结果。打开我的输出文件,只有第一个基因,后跟“ ...”,最后一个基因。
此功能最多可以处理吗?如何让python写入所有结果?
代码的相关部分:
fasta_df3 = pd.read_table(fasta_out3, delim_whitespace=True, names=
('qseqid','sseqid', 'evalue', 'pident'))
fasta_df3_sorted = fasta_df3.sort_values(by='qseqid', ascending = True)
fasta_df3_grouped = fasta_df3_sorted.groupby('qseqid')
for qseqid, fasta_df3_sorted in fasta_df3_grouped:
subj3_pident_max = str(fasta_df3_grouped['pident'].max())
subj3_pident_min = str(fasta_df3_grouped['pident'].min())
current_gene = str(qseqid)
with open(dir_output+outputall_file+".txt","a") as gene_list:
gene_list.write("\n"+"subj3: {} \t {} \t {}".format(current_gene,
subj3_pident_max, subj3_pident_min))
gene_list.close()