Question

我正在使用Gephi，Python和R中的一些图形模型。直到偶然的机会，我决定比较它们给我的结果。 因此我遇到了以下问题。在使用Gephi和R（使用igraph和statnet）计算中介中心性时，这三个给我不同的结果（igraph和statnet，差别不大）。由于我使用的是大型网络，因此我决定采用小型网络并手动执行计算，如下图所示（摘自：enter link description here）

enter image description here

使用邻接表：

source  target
1   2
1   3
1   4
2   3
3   4
4   5
4   6
5   6
5   8
5   7
6   8
6   7
7   8
7   9

然后看看我把R和Gephi扔了什么结果。我发现Gephi可以给我相同的结果：

enter image description here

但是R（igraph和statnet都不适用）。

> library('igraph')
> data <- read.csv(file.choose())
> set.seed(123456)
> graph_1<-graph.data.frame(data)
> summary(graph_1)
IGRAPH cfa51db DN-- 9 14 -- 
+ attr: name (v/c)

> graph_1
IGRAPH cfa51db DN-- 9 14 -- 
+ attr: name (v/c)
+ edges from cfa51db (vertex names):
 [1] 1->2 1->3 1->4 2->3 3->4 4->5 4->6 5->6 5->8 5->7 6->8 6->7 7->8 7->9

> betweenness(graph_1)
 1  2  3  4  5  6  7  8  9 
 0  0  6 15  6  6  6  0  0

> detach("package:igraph", unload=TRUE)
> library(statnet)
> library(intergraph)
> graph_2<-asNetwork(graph_1)

> betweenness(graph_2)
[1]  0  0  6 15  6  6  6  0  0

我是通过运行我的R代码做错什么了吗，还是使用另一种算法来计算中间性？ 谢谢：）

Answer 1

您正在计算两种不同的事物。

首先，为了使您的示例可复制，以下是我们所有人都可以用来创建示例的代码。

library(igraph)
EL = matrix(c(1,2, 1,3, 1,4, 2,3, 3,4, 4,5, 4,6, 5,6, 5,8, 
    5,7, 6,8, 6,7, 7,8, 7,9), ncol=2, byrow=T)
graph_1 = graph_from_edgelist(EL)

现在，使用您的代码，我得到相同的结果。

betweenness(graph_1)
[1]  0  0  6 15  6  6  6  0  0

但是

betweenness(graph_1, directed=F)
[1]  3  0  3 15  6  6  7  0  0

给出与Gephi相同的结果。

帮助页面?betweenness说：

导演
逻辑上，是否应考虑使用定向路径确定最短路径。

很明显，Gephi的默认值与R不同。

igraph，statnet和GEPHI有问题吗？

1 个答案: