Question

我试图在本地计算机上运行Snakemake命令。即使我使用了最简单的代码结构，它也不起作用，就像这样：

rule fastqc_raw:
input:
    "raw/A.fastq"
output:
    "output/fastqc_raw/A.html"
shell:
    "fastqc {input} -o {output} -t 4"

它显示了此错误：

Error in rule fastqc_raw:
jobid: 1
output: output/fastqc_raw/A.html   RuleException: CalledProcessError in line 13 of
/Users/01/Desktop/Snakemake/Snakefile: Command ' set -euo pipefail; 
fastqc raw/A.fastq -o output/fastqc_raw/A.html -t 4 ' returned
non-zero exit status 2.   File
"/Users/01/Desktop/Snakemake/Snakefile", line 13, in __rule_fastqc_raw
File "/Users/01/miniconda3/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py",line 56, in run

但是，snakemake程序确实创建了看上去正常的DAG文件，并且当我使用“ snakemake --np”命令时，它没有显示任何错误。

我也确实使用相同的命令在没有Snakemake的情况下在本地运行了fastqc，并且效果很好。

我希望有人可以帮助我

谢谢!!

Answer 1

Snakemake似乎完成了工作。它运行了命令：

fastqc raw/A.fastq -o output/fastqc_raw/A.html -t 4

但是命令返回了错误：

Command ' set -euo pipefail; 
fastqc raw/A.fastq -o output/fastqc_raw/A.html -t 4 ' returned
non-zero exit status 2.

调试的下一步是手动运行fastqc命令以查看是否提供错误。

Answer 2

我希望您现在已经得到答案，但是我有完全相同的问题，所以我将提供解决方案。

错误出在

shell: "fastqc {input} -o {output} -t 4"

FastQC标志-o期望输出目录，并且您已经为其指定了输出文件。您的代码应为：

shell: "fastqc {input} -o output/fastqc_raw/ -t 4"

您的错误与以下事实有关：输出文件已输出到其他位置（很可能是输入目录），并且规则all：结果失败。

此外，如果尚未创建目录，则FastQC会给出错误消息，因此您需要先执行该操作。

奇怪的是，我见过在fastqc shell中没有-o标志的Snakemake脚本，并且运行良好，但是我并不幸运。

Answer 3

附加说明：我可以看到您在那里使用了 4 个带有“-t 4”参数的线程。您应该指定此项，以便 Snakemake 为其提供 4 个线程，否则我相信它将以 1 个线程运行并且可能由于内存不足而失败。可以这样做：

rule fastqc_raw:
input:
    "raw/A.fastq"
output:
    "output/fastqc_raw/A.html"
threads: 4
shell:
    "fastqc {input} -o {output} -t 4"

Snakemake基本问题

3 个答案: