Question

我开始使用doMPI，并且使用的是我自己定义的软件包。

首先，我的文件中有待执行的文件：

library(doMPI)
cl <- startMPIcluster() 
registerDoMPI(cl)

注意：我不使用cl <- startMPIcluster(count)，因为我认为最好在函数之外指定内核数，但是我不清楚[{1}}是否正确还是不行。

然后，通过cl <- startMPIcluster()加载我的包后

library(my_package)

使用myres <- foreach(t2 = 1550:1551) %dopar% {my_function(t2)}导致

评估错误：找不到函数“ my_function”

但是功能mpirun在群集中被识别：当我在没有my_function的情况下运行my_function时，结果是正确的。

然后，我将呼叫更改为：

MPI

，然后它开始运行，因此添加myres <- foreach(t2 = 1550:1551) %dopar% {my_package::my_function(t2)}使my_package::了解mpirun是什么。奇怪的是，因为我已经运行过library（my_package）。

但是在开始运行后，还有另一个错误：

“评估错误：找不到函数“ my_function_2”。”

my_function是我的程序包中定义的函数。

当然，一种可能性是进入我程序包中的所有函数，并且当调用另一个函数时，只需添加my_function_2。

但是我认为这不是应该的，所以我想我有一个看不见的潜在错误/错误使用指令。

关于可能出什么问题的任何想法？预先谢谢你。

Answer 1

您应该使用foreach .packages选项初始化工作进程：

myres <-
  foreach(t2=1550:1551, .packages='my_package') %dopar% {
    my_function(t2)
  }

这将导致每个集群工作程序加载my_package。在主进程中加载程序包不会导致集群工作人员加载该程序包，这就是为什么.packages是必需的。

对于startMPIcluster，除非我在没有count的情况下执行R脚本（这限制了您在单个节点上运行），否则我永远不会使用mpirun参数。如果未指定count，则startMPIcluster从mpirun获取所有信息，从而使脚本更加灵活。