doMPI和集群

Question

我第一次使用R和群集。在Google上搜索，我发现了包＆＃34; doMPI＆＃34;。这个包允许我自动化过程的创建。但是，我对这些功能感到困惑。

1 - startMPIcluster和registerDOMPI有什么区别？

2 - startMPIcluster传递的争论是什么？

3 - 当我使用mpirun -H n1,n2,n3 -n 1 R --slave -f sincMPI.R命令时，-n 1是什么意思？

4 - 最后，假设我有4个集群，每个集群有60个CPUS。我的代码怎么样？

Answer 1

您是否阅读过doMPI vignette？我试着回答所有这些问题。我还建议您下载doMPI源代码分发并查看其中包含的示例脚本。

关于你的问题：

1. startMPIcluster用于创建表示用于并行计算的一组进程的集群对象; registerDoMPI用于向foreach注册一个集群对象，因此它将用于执行并行的foreach循环。必须使用这两个功能。

2. 如果您使用-n 1选项通过mpirun执行R脚本，mpirun将只启动一个进程来执行您的R脚本（我称之为主进程），并且第一个参数为{{ 1}}指定主服务器为了执行foreach循环生成的任务而应该启动的工作器数。如果您使用mpirun启动多个进程，则根本不需要指定startMPIcluster值。我建议使用mpirun启动所有工作人员（在您的示例中使用count），而不是为-n 3值指定值。

3. mpirun count选项指定应该启动的工作人员/进程数。如果要生成worker，则应使用-n，以便mpirun仅启动master，并使用-n 1 startMPIcluster参数来控制要生成的worker数。

我真的不明白你的最后一个问题，但我认为小插图和例子可以帮助你更好地理解所有这些概念。