如何计算输入序列(DNA)中字符(核苷酸)的数量

时间:2018-09-28 16:01:35

标签: python

我已经花了一段时间思考如何才能充分解决此分配问题。

作业要求:对于给定的DNA序列,有多少个核苷酸?因此,如果使用核苷酸碱基对“ A”,“ C”,“ G”,“ T”提供任何随机的DNA输入,那么每个核苷酸碱基对有多少个? (所以有多少个“ A”,“ C”,“ G”,“ T”。

例如:如果我输入CAGGGTTACCCCTTTACGTT,我希望我的程序能够在打印语句中告诉我: A:#个A的数量,C:#个C的数量,G:#个G的数量,T:#个T的数量。

到目前为止,这是我所拥有的,但是我不断收到我没有整数的错误消息。

sequence = input("Enter a DNA sequence:")

nbA = nbC = nbG = nbT = 0

Composition = sequence.upper()

if Composition in sequence == sequence.upper() :
    sequence = input("Enter a DNA sequence: ")
    for nucleotide in Composition:
        if nucleotide == "A":
            nbA += 1
            nbA.count("A")
        if nucleotide == "C":
            nbC += 1
            nbC.count("C")
        if nucleotide == "G":
            nbG += 1
            nbG.count("G")
        if nucleotide == "T":
            nbT += 1
            nbT.count("T")
        print(nbA, " ", nbC, " ", nbG, " ", nbT, " ")

有帮助吗?谢谢!

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