2个树状图和凝聚态相关矩阵的热图

Question

我尝试创建如下内容： plotting results of hierarchical clustering ontop of a matrix of data in python

不幸的是，当我尝试执行代码时，收到以下警告：

Warning (from warnings module):
  File "C:\Users\USER1\Desktop\test.py", line 15
    Y = sch.linkage(D, method='centroid')
ClusterWarning: scipy.cluster: The symmetric non-negative hollow observation matrix looks suspiciously like an uncondensed distance matrix

Warning (from warnings module):
  File "C:\Users\USER1\Desktop\test.py", line 22
    Y = sch.linkage(D, method='single')
ClusterWarning: scipy.cluster: The symmetric non-negative hollow observation matrix looks suspiciously like an uncondensed distance matrix

此外，还会打开一个小窗口，但会崩溃...

Answer 1

您链接到的代码有一个问题：它将平方距离矩阵传递到linkage。 linkage的第一个参数经常引起混乱，因此在最新版本的scipy中，如果传入了看起来像平方距离矩阵的代码，则代码会生成警告。

您将不得不修改代码以不将平方距离矩阵传递给linkage。如果您已有这样的矩阵，则可以使用函数scipy.spatial.distance.squareform将其转换为linkage期望的压缩形式。

为避免进一步的混乱，我更新了链接答案中的代码，以使它将压缩的距离矩阵传递给linkage。