Question

我有一个植物物种的不在场矩阵，看起来像这样……

print(example.decode('utf-16'))

矩阵显示物种（1-10）是地方性的还是入侵性的，并且在某个图中是否存在（1）（0）。地块位于不同的山谷（val1，val2）

我想找出在1号山谷（val1）中发现了多少特有物种。因此，我需要知道在多个列（val1p1，val1p2，val1p3）中找到的物种总数，然后知道其中几个是特有的（即与``特有''列匹配的那些物种）。

在此示例中，山谷1中的物种总数为8，其中4种是地方性的。我想要的输出就是1号山谷中特有物种的数量！

我的真实数据集实际上非常大，我在8个不同的山谷中的75个地块中有200种，因此我需要快速的方法来做到这一点！

很显然，我无法对行进行求和，因为同一物种出现在不同的地块中。我尝试使用mutate首先将地块组合成单独的谷...

set.seed(123)
Data <- data.frame(
 endemic = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
 val1p1 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
 val1p2 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
 val1p3 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
 val2p1 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
 val2p2 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
 val2p3 = sample(0:1, 10, replace = TRUE))
Data


   endemic invasive val1p1 val1p2 val1p3 val2p1 val2p2 val2p3
1        1        0      0      1      1      0      0      1
2        1        1      0      0      1      1      0      1
3        1        0      1      0      0      0      1      0
4        0        0      0      1      0      0      1      0
5        0        1      1      0      1      1      1      0
6        1        1      0      0      0      1      0      1
7        1        1      0      0      0      1      1      1
8        1        1      1      1      0      1      0      0
9        0        1      1      1      0      0      1      1
10       0        0      1      0      1      0      1      1

但是，由于不能将所有0都替换为1，因此无法正常工作。

有什么建议吗？我对R还是很陌生。

Answer 1

先行一步...仔细检查！duplicate-part !!!

set.seed(123)
df <- data.frame( species = c(1:10),
  endemic = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
  invasive = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
  val1p1 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
  val1p2 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
  val1p3 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
  val2p1 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
  val2p2 = sample(0:1, 10, replace = TRUE),
  val2p3 = sample(0:1, 10, replace = TRUE))

df

library( tidyverse )

df %>% 
  gather( location, present, matches("^val") ) %>%
  mutate( valley = stringr::str_extract_all( .$location, "\\d", simplify = TRUE )[,1], 
          p      = stringr::str_extract_all( .$location, "\\d", simplify = TRUE )[,2] ) %>%
  filter( valley == 1, present == 1 ) %>%
  #filter out duuplicate species (from the top...) double-check if this is waht you want
  filter( !duplicated( species ) ) 

#   species endemic invasive location present valley p
# 1       1       0        0   val1p1       1      1 1
# 2       4       1        1   val1p1       1      1 1
# 3       6       0        0   val1p1       1      1 1
# 4       7       1        1   val1p1       1      1 1
# 5       8       1        0   val1p1       1      1 1
# 6       5       0        0   val1p2       1      1 2
# 7       9       1        0   val1p2       1      1 2
# 8      10       0        1   val1p3       1      1 3

计算存在缺席矩阵中多个列与单个列匹配的位置

1 个答案: