Question

问题描述
我有一个将被聚类的数据框和一个定义节点颜色的数据框，如下所示：

# DATA
color.df <- data.frame(
  name = c('node1',"node2","node3"),
  color = c('green','red','blue')
)

data.df <- t(data.frame(
  node1 = c(1,2,3,5),
  node2 = c(4,5,3,5),
  node3 = c(3,3,2,1)
))

然后我应用分层聚类并将其转换为径向网络：

# CLUSTERING
distance.mat <- dist(data.df)
hc <- hclust(distance.mat)
rad <- as.radialNetwork(hc, '')
diagonalNetwork(List = rad)

现在我想根据color.df为节点着色，当所有节点颜色都已知（如回答here）时，这是可行的，但是这变得更加困难，因为只有叶子需要着色（显然，我的网络比这个示例要复杂得多。

我尝试过的事情
我认为方法是使用JS这样将节点名称映射为颜色：

function test(d, i)  { return { "node1" : "green", "node2" : "red", "node3" : "blue" }[d] }
test("node1")

我试图在R中实现这一点

w <- paste('{', paste(color.df %>% 
                        mutate(name = paste0('"', name), color = paste0(color, '"')) %>%
                        unite('x', c(name, color), sep = '" : "' ) %>%
                        .$x, collapse= ', '), '}', collapse = '') 

node.col.func <- JS(paste0('function(d, i) { return ', w, '[d.name]; }'))
rad <- as.radialNetwork(hc, '')
dn <- diagonalNetwork(List = rad, nodeColour = node.col.func)

这不起作用，但是代码本身起作用，因为我对其进行了硬编码，从而使节点着色：

node.col.func <- JS(paste0('function(d, i) { return ', w, '["node1"]; }'))

如果我使用警报d.name将返回'undefined'，因此显然我无法在此处访问节点名称。

Answer 1

经过一番困惑后，我发现我必须通过d.data.name而不是d.name访问节点名称。所以这行：

node.col.func <- JS(paste0('function(d, i) { return ', w, '[d.name]; }'))

应替换为：

node.col.func <- JS(paste0('function(d, i) { return ', w, '[d.data.name]; }'))

R networkD3对角线网络着色叶节点

1 个答案: