Question

我真的很喜欢这个网络的外观：

来源：https://christophergandrud.github.io/networkD3/

每个扇区有多种颜色，其中每种颜色代表网络中与其他节点分开的一些不同的节点部分。

但是，在任何一个特定的扇区中，我不喜欢src节点与target节点的颜色相同，所以我问了一个问题（https://stackoverflow.com/a/35371131/3878253）如何区分这两种颜色。

现在有一种方法可以扩展此代码以获得多个颜色方案（以区分各个扇区），同时保留良好的src / target颜色差异？这是代码：

# Load package
library(networkD3)
library(dplyr) # to make the joins easier

# Create fake data
src <- c("A", "A", "A", "A",
         "B", "B", "C", "C", "D")
target <- c("B", "C", "D", "J",
            "E", "F", "G", "H", "I")
networkData <- data.frame(src, target, stringsAsFactors = FALSE)

nodes <- data.frame(name = unique(c(src, target)), stringsAsFactors = FALSE)
nodes$id <- 0:(nrow(nodes) - 1)


# create a data frame of the edges that uses id 0:9 instead of their names
edges <- networkData %>%
   left_join(nodes, by = c("src" = "name")) %>%
   select(-src) %>%
   rename(source = id) %>%
   left_join(nodes, by = c("target" = "name")) %>%
   select(-target) %>%
   rename(target = id)

edges$width <- 1

# make a grouping variable that will match to colours
nodes$group <- ifelse(nodes$name %in% src, "lions", "tigers")


ColourScale <- 'd3.scaleOrdinal()
            .domain(["lions", "tigers"])
           .range(["#FF6900", "#694489"]);'

forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
             Source = "source",
             Target = "target",
             NodeID ="name",
             Group = "group",
             Value = "width",
             opacity = 0.9,
             zoom = TRUE,
             colourScale = JS(ColourScale))

Answer 1

group数据框中的Nodes列决定了颜色。您可以为每个节点设置group值（手动或其他），networkD3将根据颜色调色板为每组节点着色。

例如......

edges <- read.table(header = T, text = '
source target width
0      1     1
0      2     1
0      3     1
0      4     1
1      5     1
1      6     1
2      7     1
2      8     1
3      9     1
')

nodes <- read.table(header = T, text = '
name id  group
A    0   panther
B    1   leopard
C    2   tiger
D    3   lion
J    4   panthercub
E    5   leopardcub
F    6   leopardcub
G    7   tigercub
H    8   tigercub
I    9   lioncub
')

forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
             Source = "source",
             Target = "target",
             NodeID ="name",
             Group = "group",
             Value = "width",
             opacity = 0.9,
             zoom = TRUE,
             colourScale = JS("d3.scaleOrdinal(d3.schemeCategory10);"))

Answer 2

重新阅读您的问题和回复之后，我认为您真正想知道的是......如何将数据集群到群组中。定义集群后，可以将nodes数据框中每个节点的组值设置为其集群的名称/ ID，然后networkD3将相应地着色它们。

在你的问题中，你不清楚如何根据他们的集群同时组合'颜色源和目标节点'和'颜色节点......这些目标显然是冲突的，因为集群包含源节点和目标节点。您的问题的另一个问题是，在这些类型的网络中，节点既可以是源节点也可以是目标节点，因此您必须更清楚地了解如何对这些节点进行着色。我可以假设您将“目标”节点定义为仅链接到另一个节点的节点（从技术上讲，节点是源还是目标由节点之间的链接方向决定），但这不是必然如此（我可以想象你可能会有其他解释）。

要进行群集，您需要查看igraph包及其众多群集功能。例如......

使用networkD3中包含的悲惨世界数据，让我们回溯直到我们只有一个包含源和目标字符的两列数据框...

library(igraph)
library(networkD3)

data(MisLinks)
data(MisNodes)

lesmis <- data.frame(source = MisNodes$name[MisLinks$source + 1], 
                     target = MisNodes$name[MisLinks$target + 1],
                     stringsAsFactors = F)

现在，使用它可以使用igraph计算群集，然后将它们重新组合在一起绘制networkD3 ...

lesmis <- graph_from_data_frame(lesmis)
wc <- cluster_walktrap(lesmis)
members <- membership(wc)

lesmis <- igraph_to_networkD3(lesmis, group = members)

forceNetwork(Links = lesmis$links, Nodes = lesmis$nodes, 
             Source = 'source', Target = 'target', 
             NodeID = 'name', Group = 'group', opacity = 1)

现在，如果你想让“目标”节点（那些只有一个链接的节点）也有不同的颜色，你可以找出哪些节点只在源和目标列表中出现一次，并在其中设置它们的组值。 nodes数据框到独特的内容......

allnodes <- c(lesmis$links$source, lesmis$links$target)
targetids <- allnodes[!duplicated(allnodes) & ! duplicated(allnodes, fromLast = T)]
lesmis$nodes$group[targetids + 1] <- 'target'

forceNetwork(Links = lesmis$links, Nodes = lesmis$nodes, 
             Source = 'source', Target = 'target', 
             NodeID = 'name', Group = 'group', opacity = 1)

R networkD3包：forceNetwork（）着色

2 个答案: