Question

我有这个文件，要从某个行号开始读取，直到一个字符串为止。我已经用过

awk“ NR> = $ LINE && NR <= $（（LINE + 121））{print}” db_000022_model1.dlg

从特定的行读取直到行号递增，但是现在我需要使其停止在某个字符串处，以便能够在其他文件上使用。

DOCKED: ENDBRANCH   7  22
DOCKED: TORSDOF 3
DOCKED: TER
DOCKED: ENDMDL

我希望它到达后停止

DOCKED：ENDMDL

#!/bin/bash

# This script is for extracting the pdb files from a sorted    list of scored
# ligands

mkdir top_poses

for d in $(head -20 summary_2.0.sort | cut -d, -f1 | cut -d/ -f1)
    do
    cd "$d"||continue
    # find the cluster with the highest population within the dlg
    RUN=$(grep '###*' "$d.dlg" | sort -k10 -r | head -1 | cut -d\| -f3 | sed 's/ //g')
    LINE=$(grep -ni "BEGINNING GENETIC ALGORITHM DOCKING $RUN of 100" "$d.dlg" | cut -d: -f1)
    echo "$LINE"
    # extract the best pose and correct the format
    awk -v line="$((LINE + 14))" "NR>=line; /DOCKED: ENDMDL/{exit}" "$d.dlg" | sed 's/^........//' > "$d.pdbqt"

    # convert the pdbqt file into pdb
    #obabel -ipdbqt $d.pdbqt -opdb -O../top_poses/$d.pdb
    cd ..
    done

当我尝试

awk -v line =“ $（（（LINE + 14））”“” NR> = line; / DOCKED：ENDMDL / {exit}“” $ d.dlg“ | sed's /^........//'>“ $ d.pdbqt”

就像在shell终端中一样，它可以工作。但是在脚本中，它会输出一个空文件。

Answer 1

取决于您处理目标行之前的DOCKED: ENDMDL的要求：

awk -v line="$LINE" 'NR>=line; /DOCKED: ENDMDL/{exit}' db_000022_model1.dlg

或：

awk -v line="$LINE" 'NR>=line{print; if (/DOCKED: ENDMDL/) exit}' db_000022_model1.dlg

如何使用awk从文件中选择文本，从行号开始直到某个字符串

1 个答案: