无法在Python 3.6中使用pip安装pysam

Question

Macbook Mac OSX 10.12.6 的Python 3.6.2 cython 0.28.5 点18.0

我正在尝试安装pysam：

pip3 install pysam

它一直在以下位置出现错误：

creating build/temp.macosx-10.6-intel-3.6/htslib/cram
htslib/cram/cram_io.c:63:10: fatal error: 'os/lzma_stub.h' file not found
#include "os/lzma_stub.h"
         ^~~~~~~~~~~~~~~~
1 error generated.
error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

似乎this issue，this和this是版本问题。但是我尝试了pip3 install pysam==0.13和0.14和0.15，但结果相同。

建议？

我真的不想处理安装conda ...

Answer 1

我的错！ pip3 install pysam==0.13实际上有效。只是为了后代而留在这里。

Answer 2

很显然，您缺少lzma，它现在是xz库（https://tukaani.org/xz/）的一部分。安装它，看看是否可行。在OSX中，您可以使用自制软件brew install xz来安装它。

另一种选择是安装htslib（http://www.htslib.org/download/）或samtools（可在htslib网址中找到）。