Question

我正在使用nohup在远程服务器上运行python脚本。

首先，我使用VPN和SSH连接到远程计算机
第二，我使用以下命令运行python脚本：

nohup python backmap.py mpirun -np 48＆

python脚本包含以下几行：

frame = []
file_in = open("Traj_equil_prot.pdb", "r")
for line in file_in:
    if line.startswith('TITLE'):
        frame.append(line[127:134])

import os
for fileNum in range(631, 29969):
    os.system("./initram-v5.sh -f Traj_equil_prot_frame" +  str(fileNum) + ".pdb -o Traj_equilprot_aa_frame" + str(frame[fileNum]) + ".gro -to amber -p topol.top")

脚本全天运行良好。但是现在它刚刚崩溃了，当我尝试重新启动它时，出现以下错误：

回溯（最近一次通话最后一次）：文件“”，第1行，在 IOError：[错误5]输入/输出错误

该文件位于工作目录中。我试图再次断开连接/连接，但仍然是同样的问题。我不知道我在想什么。有什么帮助吗？

Answer 1

我遇到了同样的问题，我曾经使用以下命令运行脚本：

python MY_SCRIPT.py &

该脚本将在后台运行，并且输出将显示在终端上，直到您注销或退出为止。

通过注销，脚本仍在运行，但是它的输出无处显示，因此，当脚本想要显示某些内容（例如，调用 print ）时，将产生异常。

解决方案：

我已将输出通过管道传输到实际终端显示以外的地方：

python MY_SCRIPT.py >/dev/null &

查看此链接以获取更多详细信息：

https://stackoverflow.com/a/38238281/6826476

Answer 2

我终于解决了问题，方法是打开文件“ file_in”，对其进行修改（例如，仅在REMARK行中添加一个点）并保存更改。

Python IOError：[Errno 5]输入/输出错误？

2 个答案: