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通过Lodown导入r中的数据

时间：2018-09-17 01:55:15

标签： r survey

options( survey.lonely.psu = "adjust" )

library(survey)

library(lodown)

# retrieve a listing of all available extracts for the youth risk behavioral 
# surveillance system
yrbss_cat <- get_catalog( "yrbss" , output_dir = file.path( path.expand( "~" ) , "YRBSS" ) )

# limit the catalog to only years 2005-2015
yrbss_cat <- subset( yrbss_cat , year %in% seq( 2005 , 2015 , 2 ) )

# download the yrbss microdata
lodown( "yrbss" , yrbss_cat )

该代码应下载yrbss数据集并转换为rda文件，但不起作用。有人可以帮忙吗？

错误如下

选项（survey.lonely.psu =“ adjust”）     库（调查）正在加载所需的软件包：网格正在加载所需的软件包：矩阵正在加载所需的软件包：生存


附加软件包：“调查”

以下对象被“ package：graphics”屏蔽：
dotchart
警告消息：“ survey”软件包是在R版本3.4.4下构建的


库（关闭）

获取有关青少年风险行为的所有可用摘录的列表

监视系统

yrbss_cat <-get_catalog（“ yrbss”，output_dir = file.path（path.expand（“〜”），“ YRBSS”））yrbss的建筑目录

获取有关青少年风险行为的所有可用摘录的列表

监视系统

yrbss_cat <-get_catalog（“ yrbss”，output_dir = file.path（path.expand（“ U：/”），“ YRBSS”）））yrbss的建筑目录

yrbss_cat目录年dat_url 1 1991 1991
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1991/yrbs1991.dat 2 1993 1993     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1993/yrbs1993.dat 3 1995 1995     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1995/nchrbs1995.dat 1995年4月     1995
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1995/yrbs1995.dat 5 1997 1997     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1997/yrbs1997.dat 6 1998 1998     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1998/ayrbs1998.dat 7 1999 1999     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1999/yrbs1999.dat 8 2001 2001     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2001/yrbs2001.dat 9 2003 2003     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2003/yrbs2003.dat 10 2005 2005     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/yrbs2005.dat 11 2007 2007     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2007/yrbs2007.dat 12 2009 2009     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2009/yrbs2009.dat 13 2011 2011     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2011/yrbs2011.dat 14 2013 2013     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2013/yrbs2013.dat 15 2015 2015     https://www.cdc.gov/healthyyouth/data/yrbs/files/yrbs2015.dat 16
    2017年2017年     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/sadc_2017/sadc_2017_district.dat 17     2017年2017年     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/sadc_2017/sadc_2017_national.dat 18     2017年2017年     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/sadc_2017/sadc_2017_state_a_m.dat 19     2017年2017年     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/sadc_2017/sadc_2017_state_n_z.dat                                                                                       sas_url output_filename 1
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1991/YRBS_1991_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 1991 main.rds 2
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1993/YRBS_1993_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 1993 main.rds 3
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1995/NCHRBS_1995_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 1995 main.rds 4
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1995/YRBS_1995_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 1995 main.rds 5
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1997/YRBS_1997_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 1997 main.rds 6
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1998/AYRBS_1998_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 1998 main.rds 7
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/1999/YRBS_1999_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 1999 main.rds 8
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2001/YRBS_2001_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2001 main.rds 9
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2003/YRBS_2003_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2003 main.rds 10
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/YRBS_2005_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2005 main.rds 11
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2007/YRBS_2007_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2007 main.rds 12
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2009/YRBS_2009_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2009 main.rds 13
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2011/YRBS_2011_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2011 main.rds 14
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2013/YRBS_2013_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2013 main.rds 15
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2015smy/YRBS_2015_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2015 main.rds 16
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/sadc_2017/2017_sadc_national_sas_input_program.sas     U：// YRBSS / 2017 main.rds 17
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/sadc_2017/2017_sadc_sas_input_program.sas     U：// YRBSS / 2017 main.rds 18     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/sadc_2017/2017_sadc_states_a-m_sas_input_program.sas     U：// YRBSS / 2017 main.rds 19     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/sadc_2017/2017_sadc_states_n-z_sas_input_program.sas     U：// YRBSS / 2017 main.rds

将目录限制为仅2005-2015年

yrbss_cat <-子集（yrbss_cat，年％in％seq（2005，2015，2））     yrbss_cat目录年dat_url 10 2005 2005
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/yrbs2005.dat 11 2007 2007     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2007/yrbs2007.dat 12 2009 2009     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2009/yrbs2009.dat 13 2011 2011     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2011/yrbs2011.dat 14 2013 2013     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2013/yrbs2013.dat 15 2015 2015     https://www.cdc.gov/healthyyouth/data/yrbs/files/yrbs2015.dat                                                                          sas_url output_filename 10
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/YRBS_2005_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2005 main.rds 11
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2007/YRBS_2007_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2007 main.rds 12
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2009/YRBS_2009_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2009 main.rds 13
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2011/YRBS_2011_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2011 main.rds 14
    https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2013/YRBS_2013_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2013 main.rds 15     https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2015smy/YRBS_2015_SAS_Input_Program.sas     U：// YRBSS / 2015 main.rds

下载yrbss微数据

lodown（“ yrbss”，yrbss_cat）在本地下载yrbss


从URL下载   “ https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/yrbs2005.dat”提交   'C：\ Users \ JAIMIN〜1 \ AppData \ Local \ Temp \ Rtmpemmaly \ file684c13a73873'

下载问题   'https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/yrbs2005.dat'

下载问题   'https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/yrbs2005.dat'

下载问题   'https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/yrbs2005.dat'

R版本3.4.0（2017-04-21）平台：x86_64-w64-mingw32 / x64（64位）   在以下环境下运行：Windows> = 8 x64（内部版本9200）

Matrix产品：默认

语言环境：[1] LC_COLLATE = English_United States.1252   LC_CTYPE = English_United States.1252 LC_MONETARY = English_United   States.1252 [4] LC_NUMERIC = C
  LC_TIME =英语_美国。1252

附带的基本软件包：[1]网格统计图形grDevices   utils数据集方法基础

其他附加软件包：[1] lodown_0.1.0 survey_3.33-2
  Survival_2.41-3 Matrix_1.2-9

通过名称空间（未附加）加载：[1] httr_1.3.1
  编译器_3.4.0 R6_2.2.2工具_3.4.0 RCurl_1.95-4.11   curl_2.6 yaml_2.1.14花键_3.4.0 [9]摘要_0.6.16
  bitops_1.0-6点阵_0.20-35

lodown现在意外退出。托管网站   可公开下载的微数据经常更改，有时   更改会导致该软件损坏。如果下面的错误调用堆栈   似乎是您的互联网连接出现问题，请验证   您的连接，然后重试下载。否则，请打开一个新的   在https://github.com/ajdamico/asdfree/issues发行，   此错误调用堆栈的内容以及您的输出   sessionInfo()。

[[1]] lodown（“ yrbss”，yrbss_cat）

[[2]] withCallingHandlers（目录<-load_fun（data_name = data_name，       目录...），错误=函数（e）{       打印（sessionInfo（））       如果（grepl（“无法分配大小的向量”，e））           留言（memory_note）       否则，如果（grepl（“必须指定参数”，e））           消息（parameter_note）       否则，如果（grepl（“要安装”，e））           消息（installation_note）       其他{           讯息（unknown_error_note）           打印（sys.calls（））       }}

[[3]] load_fun（数据名称=数据名称，目录...）

[[4]]茶（目录[i，“ dat_url”]，tf_fn，mode =“ wb”）

[[5]] httr_filesize（this_url，尝试次数，sleepsec）

[[6]] stop（paste0（“ httr :: HEAD（'”，url，“'）\ n在”，   初始尝试       “尝试”））

[[7]] .handleSimpleError（function（e）{       打印（sessionInfo（））       如果（grepl（“无法分配大小的向量”，e））           留言（memory_note）       否则，如果（grepl（“必须指定参数”，e））           消息（parameter_note）       否则，如果（grepl（“要安装”，e））           消息（installation_note）       其他{           讯息（unknown_error_note）           打印（sys.calls（））       }}，“ httr :: HEAD（'https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/yrbs2005.dat'）\ n失败   3次尝试”，       报价（httr_filesize（this_url，尝试次数，sleepsec）））

[[8]] h（simpleError（msg，call））

httr_filesize（this_url，尝试次数，sleepsec）错误：httr :: HEAD（   'https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/yrbs2005.dat'）在3后失败   尝试目录年份
  dat_url 10 2005 2005
  https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/yrbs2005.dat 11 2007 2007   https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2007/yrbs2007.dat 12 2009 2009   https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2009/yrbs2009.dat 13 2011 2011   https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2011/yrbs2011.dat 14 2013 2013   https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2013/yrbs2013.dat 15 2015 2015   https://www.cdc.gov/healthyyouth/data/yrbs/files/yrbs2015.dat                                                                        sas_url output_filename case_count 10
  https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2005/YRBS_2005_SAS_Input_Program.sas   U：// YRBSS / 2005 main.rds NA 11
  https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2007/YRBS_2007_SAS_Input_Program.sas   U：// YRBSS / 2007 main.rds NA 12
  https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2009/YRBS_2009_SAS_Input_Program.sas   U：// YRBSS / 2009 main.rds NA 13
  https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2011/YRBS_2011_SAS_Input_Program.sas   U：// YRBSS / 2011 main.rds NA 14
  https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2013/YRBS_2013_SAS_Input_Program.sas   U：// YRBSS / 2013 main.rds NA 15   https://ftp.cdc.gov/pub/data/yrbs/2015smy/YRBS_2015_SAS_Input_Program.sas   U：// YRBSS / 2015 main.rds NA   >

1 个答案:

答案 0 :(得分：0)

库（httr）set_config（config（ssl_verifypeer = 0L））＃这两行修复了对等证书错误，然后代码开始工作。