Question

我遇到了一个问题：我必须导入一个文本文件（from_soft.txt，该文件是从＆＃34; CFINDER＆＃34;软件中输出的。它看起来像这样：

from_soft:
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-
# text-text-text-text-text-text-text-text-text-text-

1: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE
2: SpeciesA SpeciesC SpeciesE SpeciesD SpeciesF SpeciesG SpeciesH
3: SpeciesB SpeciesC SpeciesF
4: SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesF SpeciesH
[...]

我设法使用readLines将其导入R：

cliques<-readLines("from_soft.txt",n=-1,ok=T,warn=T,encoding="unknow",skipNul=F)

我删除第一行：

from_soft<-as.data.frame(from_soft)[-(1:5),]

表格from_soft是这样的：

head(from_soft)
[1] 0: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE   1: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE   2: SpeciesA SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesE  
[4] 3: SpeciesB SpeciesC SpeciesD SpeciesF SpeciesH [...]

另一方面，我有一张表ref表示一个＆＃39;值＆＃39;对于每一对物种。它看起来像这样：

print(ref)
3324   SpeciesA  SpeciesB       1
3325   SpeciesA  SpeciesC       2
3326   SpeciesA  SpeciesD      12
3327   SpeciesA  SpeciesE       1
3328   SpeciesA  SpeciesF      71
3329   SpeciesA  SpeciesG       6
3330   SpeciesA  SpeciesH      15
3331   SpeciesB  SpeciesC       2
3332   SpeciesB  SpeciesF       4
3333   SpeciesB  SpeciesD      17
[...]

from_soft的每一行都对应一个＆＃39; clique＆＃39;在图表中。这意味着每个物种彼此相互连接。我想计算每一行的意思是连接＆＃39;。

作为行1:的示例，这里是所有现有的对：

1: SpeciesASpeciesB|SpeciesASpeciesC|SpeciesASpeciesD|SpeciesASpeciesE|SpeciesBSpeciesC|SpeciesBSpeciesD|SpeciesBSpeciesE|SpeciesCSpeciesD|SpeciesCSpeciesE|SpeciesDSpeciesE|

每个现有对都有ref中给出的值。我想要的输出文件是这样的表：

1: 3.5 (= mean of all pairs in the clique '1:')
2: 4.2
3: 1.5
4: 6
[...]

有任何想法吗？

Answer 1

解决方案：

paires <- interaction(ref[,2:3] , drop = T)
rl <- readLines("from_soft.txt")
rl <- rl[-(1:5)]
l <- strsplit(rl , " ")
l <- lapply(l , tail , -1)
comb <- lapply(l , function(x) apply(combn(x , 2) , 2 , paste , collapse = "."))
sapply(comb , function(x) mean(ref$V4[match(x , paires)]))`

干杯，

R上。

“CFINDER”输出数据输入和对的均值计算

1 个答案: