Question

我正在尝试编写一个脚本，该脚本将遍历目录中的所有目录，并在其中针对本地blast数据库查询特定序列。我已经在没有bash for循环的情况下运行了BLAST搜索，并且首先使用了for循环来创建数据库。我已经尝试了其他所有由这个问题（如果适用）建议的人，但无济于事。我没有复制和粘贴任何内容，我重新输入了脚本并查找了愚蠢的错误（我已经做了很多）。也许我只是没有看到它？无论如何，这是代码：

SRV01:~$ for d in ~/data/Shen_transcriptomes/transcriptomes/*/; do tblastn -query ~/data/chitin_binding_protein/cbp_Tectaria_macrodonta.fa -db "$d"*BLASTdb* -out "$(basename "$d")".out; done

当我使用echo "$d"*BLASTdb*运行相同的命令时，它将返回正确的文件。所以for循环似乎可以正常工作，但是上面的脚本返回了：

Error: Too many positional arguments (1), the offending value: /home/dwickell/data/Shen_transcriptomes/transcriptomes/Acrostichum_aureum_RS90/RS_90_BLASTdb.nin

目录中的每个BLASTdb文件。

-编辑-

这可行，但是我对bash的了解不足以了解原因：

SRV01:~/data$ for d in /home/dwickell/data/Shen_transcriptome/transcriptomes/*/*.nin; do 
    name=$(echo "$d" | cut -f 1 -d '.')
    blastn -query ./chitin_binding_protein/cbp_Tectaria_macrodonta.fa -db "$name" -outfmt 6 -out RS_103_tblastn.out; done

Answer 1

我敢打赌，您的目录中包含多个匹配的BLAST文件。试试这个测试：

for d in ~/data/Shen_transcriptomes/transcriptomes/*/; do
  echo "For directory $d have:"
  ls -1 "$d"*BLASTdb*
  echo
done

Answer 2

好的，正如我在上述问题的编辑中提到的那样。我似乎找到了解决方法：

for d in /home/dwickell/data/Shen_transcriptomes/transcriptomes/*/*.nin; do 
    name=$(echo "$d" | cut -f 1 -d '.')
    blastn -query ./chitin_binding_protein/cbp_Tectaria_macrodonta.fa -db "$name" -outfmt 6 -out "$(basename "$d" .nin)".out; done

我不清楚为什么会这样，但是可以。也许与我先前尝试中的星号有关？如果有人可以澄清，请执行！但是出于我自己的目的，我认为这已解决。

感谢大家发表评论。

错误：使用BLAST和bash进行循环时，位置参数过多（1）

2 个答案: