blastdbcmd - 位置参数太多＆lt; 1＆gt;，有问题的值：％f

Question

我正在尝试使用blastdbcmd - 当我在cmd上键入以下内容时

blastdbcmd -db databaseBLAST -entry_batch -outfmt "%f" -out test_query.txt

弹出以下错误：

Error: Too many positional arguments <1>, the offending value: %f

我键入%f以便它采用Fasta格式，即使花了这么多时间在互联网上弄清楚，我仍然不知道如何处理此错误。你能帮助我吗？

Answer 1

也许有点迟了，但我认为这可能是UTF-8与ISO-latin的另一种情况，但却找到了一种惹恼的方式：

我使用blastn的其他查询遇到了同样的问题，但有问题的值是-db。我发现这是命令的“ - ”部分的编码问题。即如果您从Mac或pdf中复制粘贴命令，那么对我们来说看起来像“％f”或“ - ”可能不是。尝试键入所有命令而不是复制粘贴。

Answer 2

您的问题不在于-outfmt参数。 -entry_batch需要文件名。此外，您无需指定-outfmt '%f'，因为Fasta格式是默认输出。

这是您想要的命令行：

blastdbcmd.exe -db databaseBLAST -entry 'all' -out test_query.txt

保

Answer 3

纯粹猜测：删除引号，将%或更多可能两者加倍。

根据文档，

%f是默认值。

Answer 4

在我的情况下，在复制粘贴部分命令后很难发现“-”的相似之处。确保减号是真实的减号！