如何研究R-studio中肿瘤位置与表面受体表达之间的相关性?

时间:2018-09-11 13:33:28

标签: r

对于下面的示例,我不确定应该使用哪种方法-因此,我希望您可以提供一些帮助。我正在使用R-studio。

我在头部有四个不同的可能肿瘤位置。变量称为d $ location == 0到3。 我想研究不同表面受体(d $ r1,d $ r2,d $ r3 ... d $ rN)的特异性表达与特定肿瘤位置的关系。

我在下面的“我的数据”中选择了175名患者。 d $ r1 = 0表示受体不表达,d $ r1 = 1表示受体被表达(因此所有d $ r一个)。

您能帮我应该使用哪种模型/方法吗?

#My data
d <-  structure(list(location = c(2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 0L, 2L, 0L, 0L, 
                              2L, 2L, 2L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 0L, 2L, 2L, 
                              2L, 1L, 3L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 3L, 0L, 0L, 
                              0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 2L, 2L, 0L, 1L, 0L, 
                              2L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 
                              2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 0L, 3L, 1L, 0L, 2L, 2L, 0L, 2L, 2L, 1L, 
                              2L, 2L, 2L, 2L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L, 2L, 0L, 2L, 2L, 
                              0L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 0L, 2L, 2L, 2L, 0L, 2L, 2L, 1L, 0L, 
                              0L, 0L, 0L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 0L, 2L, 1L, 
                              1L, 2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 0L, 2L, 0L, 0L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 
                              0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 0L, 3L, 0L, 3L, 2L, 0L, 3L, 
                              2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 0L), r1 = c(1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  NA, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, NA, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 
                                                                  1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, NA, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 0L, NA, 1L, NA, NA, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 
                                                                  1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L), r2 = c(0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, NA, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
                                                                                                              1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), r3 = c(NA, 0L, 1L, 
                                                                                                                                                                  1L, NA, NA, NA, NA, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, NA, NA, 1L, 0L, NA, NA, 
                                                                                                                                                                  0L, NA, 0L, 0L, NA, 0L, NA, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                  1L, 0L, NA, 0L, NA, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 0L, 
                                                                                                                                                                  0L, 1L, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 0L, NA, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                  0L, 0L, NA, 0L, 1L, 0L, NA, 0L, 1L, 0L, NA, 1L, NA, 0L, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                  1L, 1L, NA, 0L, 0L, NA, NA, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, 0L, NA, 1L, 0L, 
                                                                                                                                                                  0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 1L, 1L, NA, 0L, NA, 1L, NA, 
                                                                                                                                                                  0L, 0L, 0L, NA, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, NA, 0L, 1L, NA, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                  NA, 0L, NA, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, 0L, NA, NA, 1L, 0L, NA, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                  NA, NA, 0L, 0L, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 0L, NA, NA, 0L, NA, 0L, 
                                                                                                                                                                  0L, 0L, 0L, NA, NA, NA, 0L, NA, 1L, NA, NA, NA, NA), r4 = c(0L, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, NA, 0L, 0L, NA, 0L, NA, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, NA, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, NA, 0L, 1L, NA, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, NA, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 1L, 0L, NA, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, NA, 1L, NA, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, NA, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              1L, 0L, 0L, 0L, 0L, NA, NA, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 
                                                                                                                                                                                                                              0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("location", 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                       "r1", "r2", "r3", "r4"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -176L))

0 个答案:

没有答案