我希望展示一些基因组数据中引物的一致性。我有一个约23bp的引物，希望将其与10kb的约5000个基因组序列进行比较。由于这对于我的计算机来说实在太多了，因此我想执行以下操作：
> 1. Cut out the area that my primer is located and about 20bp down each end.
> 2. Show only the bases that are different from my primer in my analysis.
> ex: Primer: -----------ATGTGGAAGCAAATATCAAATGA---------
> Gene: ATGACCATACG----C--------------T---ATCGTAGGG
> ATGAGCATACC-----A----T--------T---TTCGAACGC
我使用的数据是所有登革热序列（所有血清型）和带有以下代码的引物：ATGTGGAAGCAAATATCAAATGA。
我试图以某种方式使用msa（）函数，仅查看感兴趣的基因部分。但是，这很困难，因为要准确地预测是否需要调整它。
我仍在考虑也许在基因的那一部分切出一个任意数字并使其对齐，但无法找到适当地证明它的出路，并且还认为其他人可能会提出一些更好的方法。
我正在使用Biostrings，msa和seqinr。我使用ncbi获取遗传序列并使用FASTA文件。
谢谢！