在Smith-Waterman算法中找到最大间隙率

Question

我现在正在研究Smith-Waterman算法。我知道通过增加空位罚分，最终的对齐方式将获得较少的空位，但是我需要有关如何控制最大空位率（检测到的字符中的空字符比率）的建议？例如：

最大差距率：50％ 顺序1：ABBBBC 顺序2：ABC

最终对齐方式：AB --- C

从检测到的char的总长度为6，它将检测到多达3个缺口的char，作为类似的比对。谢谢。