如何从python输出创建表

Question

我编写了一个python程序，在其中将各种文件存储在目录中。这些文件的字符数为n。

代码读取这些文件并打印出

1. 文件名
2. 文件长度
3. 文件中某些字符的文本格式

我得到以下输出：

getAbsoluteFile

我想以表格格式显示以上输出

请帮助

Answer 1

假设您的O / P看起来像这样：

36.HomoSapiensHOXD10gene.fa 11753 ([2296, 2304, 5794, 10258, 11272],)
37.HomoSapiensHOXD11gene.fa 6139 ([],)
38.HomoSapiensHOXD13gene.fa 3648 ([403, 2718],)

首先在终端上运行程序，例如

python yourfile.py > yourfile.txt

这会将您的输出复制到yourfile.txt 然后使用以下python代码将其转换为整齐的表格格式：

import pandas as pd
file_data = open('yourfile.txt', 'r').read().splitlines()  # Read your file
data = pd.DataFrame(columns=['file', 'length', 'pattern'])
file = []  # filennames
le = []  #length of file
pattern = []  # patterns
for f in file_data:
    s = f.split(" ", 2) #Two times split on space to get a list of all three parameters
    file_name = s[0].split('.', 1)[1] #extracting just the file name ignoring numbers
    length = s[1]
    patt = s[2].replace('(', '').replace('[', '').replace(']', '').replace(')', '')  # Removing useless brackets
    try:
        pattern.append(patt.rsplit(',', 1)[0])  # Removing the comma at the end
    except:
        pattern.append('no pattern')
    file.append(file_name)
    le.append(length)
data['file'] = file
data['length'] = le
data['pattern'] = pattern
print(data)

现在，如果您要这样做，您将获得所需的输出。您还可以使用熊猫将其保存为excel / csv格式。

                       file length                         pattern
0  HomoSapiensHOXD10gene.fa  11753  2296, 2304, 5794, 10258, 11272
1  HomoSapiensHOXD11gene.fa   6139                                
2  HomoSapiensHOXD13gene.fa   3648                       403, 2718

Answer 2

请尝试使用prettytable

from prettytable import PrettyTable

x = PrettyTable()
x.field_names = ["Field Name", "Length", "Pattern"]
x.add_row(["HOXD10gene.fa", 11753, [2296, 2304, 5794, 10258, 11272]])
print(x)

您可以尝试如下从csv文件导入数据

from prettytable import from_csv
with open("data.csv", "r") as fp: 
x = from_csv(fp)
print(x)