我需要绘制一个MDS,其中的矢量显示我的物种的丰度变化。 我只需要向量
这是我关于每种物种和代码的丰富数据
library(vegan)
A <- c(54.67, 37.67, 19.33, 0, 6, 8, 84.67, 0,0,0,0,0,0,0)
B <- c(3.67, 10.33, 32.67, 5.33, 20.33, 5.33, 4.67, 3, 4, 0.01, 0.1, 0, 5, 0)
C <- c(10, 1.67, 2.67, 1.67, 11.33, 1.33, 1, 2, 2.77, 0, 0.02, 1,3,0)
D <- c(1,10.33, 2.33, 28.33, 29.33, 4.33, 21, 6.97, 4.47, 0, 0.16, 11, 4,0)
df <- cbind(A, B, C, D)
row.names(df) <- c('B_2016', 'Emb_2016', 'Fes_2016', 'Ku_2016', 'Ra_2016', 'Ud_2016',
'Ve_2016', 'Ba_2017', 'Emb_2017', 'Fes_2017', 'Ku_2017', 'Ra_2017',
'Ud_2017', 'Ve_2017')
mds <- metaMDS(df, distance='bray')
我正在使用这些代码创建数据框
mdspoints <- data.frame(scores(mds))
mdsvectors <- data.frame(mds$species)
这是我用来绘制图形的代码
g <- ggplot(data = mds, aes(MDS1, MDS2)) +
geom_segment(data = mdsvectors, aes(x=0, xend=MDS1, y=0, yend=MDS2),
arrow = arrow(length = unit(0.5, "cm")),
colour="grey", inherit_aes = FALSE) +
geom_text(data=mdspoints, aes(x=MDS1, y=MDS2, label=species), size=5)
但是我无法绘制任何图形并得到一个错误(错误:ggplot2不知道如何处理metaMDS / monoMDS类的数据)。
我想要这样的东西
谢谢
答案 0 :(得分:2)
根据您的代码,我不确定您的目标是什么,但是您可能需要注意以下几点。
要点1:不要在顶级ggplot()
调用中放置任何内容,除非您希望后续层继承它。
代替:
g <- ggplot(data = mds, aes(MDS1, MDS2)) +
使用:
g <- ggplot() +
您已经创建了数据帧mdspoints
和mdsvectors
,并且您的任何geom图层都不需要mds
中的任何内容。您真的不需要这里。但是由于它在那里,所以ggplot将对其进行检查。
如果mds
是一个数据帧,它将通过ggplot的检查,并且由于后续层不需要它而将被忽略。但是,它是metaMDS
/ monoMDS
对象,导致ggplot引发您看到的错误。
要点2:检查数据帧是否符合预期。
您的代码包含以下行:
geom_text(data=mdspoints, aes(x=MDS1, y=MDS2, label=species), size=5)
这告诉ggplot,要绘制标签,它应该查看mdspoints
数据框,并搜索名为MDS1
/ MDS2
/ species
的变量。
这实际上是根据mdspoints <- data.frame(scores(mds))
创建的:
> mdspoints
NMDS1 NMDS2
B_2016 -141.6526 -6.290613e-01
Emb_2016 -141.8424 -3.280861e-01
Fes_2016 -142.1144 -4.456856e-01
Ku_2016 -141.8335 3.674413e-01
Ra_2016 -141.8977 2.283486e-02
Ud_2016 -141.8824 -1.480702e-01
Ve_2016 -141.5302 -3.732303e-01
Ba_2017 -141.9265 2.233302e-01
Emb_2017 -141.9695 1.210940e-01
Fes_2017 -140.6462 1.430899e-01
Ku_2017 -141.8616 2.216499e-01
Ra_2017 -141.7638 7.116520e-01
Ud_2017 -142.0109 1.130730e-01
Ve_2017 1842.9317 -3.167902e-05
因此,NMDS1
/ NMDS2
代替了MDS1
/ MDS2
,并且没有“种类”的列名。行名称是否与种类相对应?我不确定,因为我自己不使用vegan软件包,但是快速浏览其scores()
函数的帮助文件会发现以下内容:
## Default S3 method: scores(x, choices, display=c("sites", "species"), ...)
这暗示这可能是站点的得分,而不是物种。如果正确理解,您将在创建mdspoints
时指定“物种”,并从行名手动创建species
列:
mdspoints <- data.frame(scores(mds, "species"))
mdspoints$species <- row.names(mdspoints)
结果
这是情节的样子:
ggplot() +
geom_segment(data = mdsvectors, aes(x=0, xend=MDS1, y=0, yend=MDS2),
arrow = arrow(length = unit(0.5, "cm")),
colour="grey") +
geom_text(data=mdspoints, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, label=species), size=5) +
labs(x = "NMDS1", y = "NMDS2") + # add axis labels
theme_classic() # use a white theme for better contrast