Question

xgboost不能与R 3.5.1和OS X 10.12.6并行工作。我遵循了这个instructions。编译C代码时，似乎是openMP OK，但是在R中编译时，找不到-fopenmp选项，并且并行执行不起作用。

Makevars

cat ~/.R/Makevars 
CC=gcc-7
CXX=g++-7
CXX1X=g++-7
CXX11=g++-7
CXX14=g++-7
CXX17=g++-7

SHLIB_OPENMP_CFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS=-fopenmp

我也尝试了gcc-8，但没有成功。

实验：

编译C代码：xgboost$ make -j4 =>似乎有效，其中包含-fopenmp编译器选项：g++-7 -c -DDMLC_LOG_CUSTOMIZE=1 -std=c++11 -Wall -Wno-unknown-pragmas -Iinclude -Idmlc-core/include -Irabit/include -I/include -O3 -funroll-loops -msse2 -fPIC -fopenmp src/common/common.cc -o build/common/common.o
来自源：R-package$ R CMD INSTALL . => checking whether OpenMP will work in a package... no和g++-7 -std=gnu++11 -I"/usr/local/Cellar/r/3.5.1/lib/R/include" -DNDEBUG -I../..//include -I../..//dmlc-core/include -I../..//rabit/include -I../../ -DXGBOOST_STRICT_R_MODE=1 -DDMLC_LOG_BEFORE_THROW=0 -DDMLC_ENABLE_STD_THREAD=1 -DDMLC_DISABLE_STDIN=1 -DDMLC_LOG_CUSTOMIZE=1 -DXGBOOST_CUSTOMIZE_LOGGER=1 -DRABIT_CUSTOMIZE_MSG_ -DRABIT_STRICT_CXX98_ -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/readline/include -I/usr/local/include -fPIC -g -O2 -c xgboost_R.cc -o xgboost_R.o

似乎R并未考虑Makevars选项中的SHLIB_OPENMP_*。有想法吗？

Answer 1

感谢hcho3（https://github.com/dmlc/xgboost/issues/2503）

mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_C_COMPILER=gcc-7 -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++-7 -DR_LIB=ON
make
make install

最后一次make安装可能会失败。如果发生这种情况，请运行

# still inside build/
cd R-package
mv src/libxgboost.dylib src/xgboost.so # in my case 'mv src/xgboost.dylib src/xgboost.so'
R CMD INSTALL .

他的解释： 到目前为止，修改Makevars并没有取得太大的成功，因为它被R-package中的configure脚本覆盖。在应用自定义构建选项时，使用CMake可以使IMO容易得多，CMake可以在R包中生成配置文件和其他构建文件（因此，在build /下生成R-package目录）到目前为止，我所见的唯一缺陷与CMake一起使用的是它生成名为libxgboost.dylib的共享库，而R期望xgboost.so

带有R和OS-X的XGBoost的并行执行失败

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