Question

我在R中使用xgb.cv和xgboost但是，它不能并行工作

我的示例代码如下

library(xgboost)
library(parallel)
param <- list("objective" = "reg:logistic"
          , "eval_metric" = "logloss"
          ,"nthread" = 8
          ,"bst:eta" = .025
          ,"bst:max_depth" = 3
          ,"lambda" = 1
          ,"lambda_bias" = 0
          ,"alpha" = .8
          ,"min_child_weight" = 3
          ,"subsample" = .9
          ,"colsample_bytree" = .6)
bst.cv3 = xgb.cv(param=param, data = x, label = y,
             nfold = 3, nrounds=cv.nround, missing = NA
             ,prediction = TRUE)

但是，上面的代码无效。我需要做些什么来使它们平行？

我在xgboost网站和github上找到了这个东西

https://github.com/dmlc/xgboost/blob/master/doc/build.md#building-on-osx
https://github.com/dmlc/xgboost/issues/276

但是，我无法运行

brew install clang-omp

或

brew install gcc --without-multilib

sudo也没有用谢谢

Answer 1

不幸的是，之前选择的答案现已过时。自制程序中不再提供clang-omp包。所以这对我有用。

首先，在shell：

brew reinstall gcc --without-multilib

然后，使用以下内容创建文件~/.R/Makevars，确保更新路径，以便它们正确反映安装的gcc版本自制程序：

CC=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gcc-6
CXX=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/g++-6
SHLIB_CXXLD=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/g++-6
FC=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gfortran-6
F77=/usr/local/Cellar/gcc/6.1.0/bin/gfortran-6
MAKE=make -j8

SHLIB_OPENMP_CFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS=-fopenmp

最后，重新启动R或RStudio并从源代码重新安装软件包。

顺便在https://asieira.github.io/using-openmp-with-r-packages-in-os-x.html写了一篇关于此的小博文。

Answer 2

好吧，我想出来了。

创建新文件vi ~/.R/Makevars 并放入

CC=clang-omp
CXX=clang-omp++
CXX1X=clang-omp++
SHLIB_OPENMP_CFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FCFLAGS=-fopenmp
SHLIB_OPENMP_FFLAGS=-fopenmp

然后安装 install.packages("xgboost", repos="http://dmlc.ml/drat/", type = "source")

如果不起作用，请使用brew来安装clang和gcc

brew reinstall clang-omp

然后运行上面的代码。

Answer 3

这似乎是在最近的xgboost提交[1]

中修复的

[1] https://github.com/dmlc/xgboost/commit/d754ce7dc19e0d7c7465999d464e13f9bf21b40d

如何在OS X中使用OpenMP编译使R包xgboost并行？

3 个答案: