Question

我试图将一个变量中的所有路径一次馈入python中的snakemake脚本中，如下所示：

rule neo4j:
  input:
      script = 'python/neo4j.py',
      path_to_cl = 'results/clusters/umap/{sample}_umap_clusters.csv',
      path_to_umap = 'results/umap/{sample}_umap.csv',
      path_to_mtx = 'data_files/normalized/{sample}.csv'
  output: 'results/neo4j/{sample}/cells.csv', 'results/neo4j/{sample}/genes.csv', 
      'results/neo4j/{sample}/cl_nodes.csv', 'results/neo4j/{sample}/cl_contains.csv',
      'results/neo4j/{sample}/cl_isin.csv', 'results/neo4j/{sample}/expr_by.csv',
      'results/neo4j/{sample}/expr_ess.csv'
  shell:
      "python {input.script} -path_to_cl {input.path_to_cl} -path_to_umap {input.path_to_umap} -path_to_mtx {input.path_to_mtx} -output {output}"

当我在output脚本中访问python参数时，它只会看到第一个路径：'results/neo4j/{sample}/cells.csv'。我也尝试命名每条路径，但没有解决问题。如何将规则output中的所有路径作为数组或字典传递，以便以后可以在python中访问它们？

Answer 1

如果我正确理解了您的问题，那么您的问题是neo4j.py脚本的-output参数不接受多个文件：shell命令可能以文件的完整列表结尾（请使用-p的{{1}}选项进行检查，但脚本仅考虑第一个。

如果确实如此，一种可能更清洁的方法是修改您的snakemake脚本的接口，以使其对每个输出文件使用一个参数。

然后您将修改规则，如下所示：

neo4j.py

一些可能有用的python模块来设置脚本接口：

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如果您不想将每个输入文件作为单独的参数传递，则只需传递输出目录，然后让脚本从此单个参数构建输出路径。给定所需的文件名，这似乎是可能的：

rule neo4j:
    input:
        script = 'python/neo4j.py',
        path_to_cl = 'results/clusters/umap/{sample}_umap_clusters.csv',
        path_to_umap = 'results/umap/{sample}_umap.csv',
        path_to_mtx = 'data_files/normalized/{sample}.csv'
    output:
        cells = 'results/neo4j/{sample}/cells.csv',
        genes = 'results/neo4j/{sample}/genes.csv',
        nodes = 'results/neo4j/{sample}/cl_nodes.csv',
        contains = 'results/neo4j/{sample}/cl_contains.csv',
        isin = 'results/neo4j/{sample}/cl_isin.csv',
        by = 'results/neo4j/{sample}/expr_by.csv',
        ess = 'results/neo4j/{sample}/expr_ess.csv'
    shell:
        """
        python {input.script} \\
            --path_to_cl {input.path_to_cl} \\
            --path_to_umap {input.path_to_umap} \\
            --path_to_mtx {input.path_to_mtx} \\
            --cells {output.cells} \\
            --genes {output.genes} \\
            --nodes {output.nodes} \\
            --contains {output.contains} \\
            --isin {output.isin} \\
            --by {output.by} \\
            --ess {output.ess}
        """

Answer 2

rule hello:
    output:
        "woot", "hoot"
    run:
        for f in output:
            print(f)
        print(output[1])

打印“ woot”，“ hoot”，“ hoot”。

Snakemake仅将输出中的第一条路径传递给Shell命令

2 个答案:

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