无法使用conda安装软件或自行更新？

Question

我正在尝试使用conda安装某些生物信息学软件，例如袖扣：

conda install -c bioconda cufflinks

但是我得到这个错误：

Error: Invalid index file: r/linux-64/repodata.json.bz2

对于使用conda的任何命令来说，这都是相同的错误，有人知道如何解决吗？看来我必须卸载所有内容并从cero开始。

Answer 1

Bioconda需要conda软件包管理器。

如果我们已安装Anaconda，则默认情况下已经可用。

对于Bioconda，建议使用Python 3版本。

我们需要添加bioconda通道以及bioconda依赖的其他通道。

为

conda config-添加默认频道

conda config-添加通道conda-forge

conda config-添加频道bioconda

现在尝试安装

Pundit gem

安装将成功完成。

参考：https://bioconda.github.io/