Question

我从文本文件中提取数据得到了数据帧，这些文本文件的某些列中包含的值大于一个值

我想像这样将多于一个值的列分成2列

我尝试了这段代码，但是会产生错误

db<-separate_rows(db,TYPE,CHRO,EX ,sep=",\\s+")
Error: All nested columns must have the same number of elements.

Answer 1

请注意，样本数据和预期输出不匹配；例如，样本数据中没有CHRO=c700条目。您似乎也缺少行。请检查您的输入/预期输出数据。

您可以使用tidyr::separate_rows，例如

df %>%
    separate_rows(TYPE, sep = ",") %>%
    separate_rows(CHRO, sep = ",") %>%
    separate_rows(EX, sep = ",")
#    TYPE       CHRO     EX
#1       multiple   c.211dup   <NA>
#2       multiple  c.3751dup   <NA>
#3       multiple       <NA> exon.2
#4       multiple       <NA> exon.3
#5       multiple       <NA> exon.7
#6   mitocondrial       <NA> exon.3
#7   mitocondrial       <NA> exon.7
#8 multifactorial       <NA>   <NA>

或者使用splitstackshape

library(splitstackshape)
df %>%
    cSplit(names(df), direction = "long") %>%
    fill(TYPE) %>%
    group_by_at(names(df)) %>%
    slice(1)
#  TYPE           CHRO      EX
#  <fct>          <fct>     <fct>
#1 mitocondrial   NA        exon.7
#2 multifactorial NA        NA
#3 multiple       c.211dup  NA
#4 multiple       c.3751dup NA
#5 multiple       NA        exon.2
#6 multiple       NA        exon.3
#7 multiple       NA        NA

请注意，结果是不同的，因为分隔列的顺序很重要。

样本数据

df <- read.table(text =
    "TYPE                   CHRO                       EX
        multiple    'c.211dup, c.3751dup'                       NA
        multiple                     NA                   exon.2
        multiple,mitocondrial        NA                   exon.3,exon.7
  multifactorial                     NA                       NA", header = T)

分离数据框中的列

1 个答案:

样本数据