igraph中的分类错误计算

时间:2018-08-28 19:43:59

标签: r networking graph igraph

我正在尝试针对不同的顶点属性计算网络的分类性。但是,每次我要计算 assortativity_nominal()时,都会出现致命错误,R终止。不过,有趣的是,我还有一个相同的变量,用数字表示,执行方法 assortativity()给了我输出。我只想知道两种方法是否返回相同的系数。通常,我的网络的特征是某些功能中缺少一些值,但是我用固定值代替了这些值。

V(myGraph)$class[is.nan(V(myGraph)$class)] <- 99
V(myGraph)$argmax_column[is.na(V(myGraph)$argmax_column)] <- "p99"
V(myGraph)$argmax_column[V(myGraph)$argmax_column == ""] <- "p99"


unique(V(myGraph)$class)
[1]  2  1  0 99

unique(V(myGraph)$argmax_column)
[1] "p1"    "p2"    "p3"    "p99"

另一个问题是我必须将 V(myGraph)$ argmax_column 转换为一个因数,否则R将终止。

> assortativity(myGraph, V(myGraph)$class, directed=T)
[1] 0.01432427
> assortativity_nominal(myGraph, V(myGraph)$argmax_column, directed=T)
[1] FATAL ERROR - R TERMINATES

我也将变量转换为因子,但是顺序与数字特征不同/不相等,并且对于相同数据将返回其他结果。

> assortativity_nominal(myGraph, as.factor(V(myGraph)$argmax_column), directed=T)
[1] 0.0371235

我的意思是即使对于名义值或数字值,分类系数的计算也应该相同,因为这两个特征的含义相同(相同的值,只是其他数据类型)。

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