Question

在R中使用glmnet包创建预测模型时，我发现这里和here都提到了相同的错误。但是，建议的重新安装glmnet软件包的解决方案不能解决我的问题。

最低工作示例my_glmnet_script.R：

#!/usr/bin/env Rscript --vanilla

# load libraries
library(methods)
library(glmnet)
library(doParallel)

# create toy model
n = 100 
p = 250 
x = matrix(rnorm(n*p), n, p)
y = matrix(rnorm(n), n, 1)

# number of parallel cores to use
ncores = 4 
registerDoParallel(ncores)

# print this before glmnet throws error
print(sessionInfo())

# fit model
my.glmnet = cv.glmnet(x=x, y=y, grouped=FALSE, parallel=TRUE, nfolds=n)
cat("end script.\n")

我的命令：

nohup Rscript my_glmnet_script.R > nohup.out 2> nohup.err &

输出文件nohup.out：

R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
[9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  methods   stats     graphics  grDevices utils datasets 
[8] base     

other attached packages:
[1] doParallel_1.0.11 iterators_1.0.8   glmnet_2.0-16 foreach_1.4.3    
[5] Matrix_1.2-12    

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.3   codetools_0.2-15 grid_3.4.3       lattice_0.20-35

错误文件nohup.err：

nohup: ignoring input
Loading required package: Matrix
Loading required package: foreach
Loaded glmnet 2.0-16

Loading required package: iterators
Loading required package: parallel
Error in .Fortran("get_int_parms", fdev = double(1), eps = double(1), : "get_int_parms" not available for .Fortran() for package "glmnet"
Calls: cv.glmnet -> glmnet -> glmnet.control -> .Fortran
Execution halted

Rscript --version的输出：

R脚本前端版本3.3.3（2017-03-06）

令人困惑的部分是以下命令可以正常工作：

Rscript my_glmnet_script.R

如果我从R中调用source("my_glmnet_script.R")，它也可以正常运行。

为什么nohup与glmnet和Rscript表现不佳？我可以加载一个R软件包来使它工作吗？

Answer 1

事实证明，nohup可能不是问题。

根据我的问题，nohup的R版本是R v3.4.3，而Rscript --version返回的R版本3.3.3。这是因为我的$PATH在使用系统范围的R（v3.4.3）之前指向我的个人R（v3.3.3）。

为什么调用系统级R？答案在于脚本的哈希爆炸：

#!/usr/bin/env Rscript --vanilla

为了发挥作用，调用/usr/bin/env Rscript --version会产生结果

R脚本前端版本3.4.3（2017-11-30）

并且系统级R在我的个人（v3.3.3）库中寻找glmnet，这是.libPaths()的第一个条目，从未为3.4.3编译过：

/usr/bin/Rscript -e ".libPaths(.libPaths()[2:3]); library('glmnet')"

库中出现错误（“ glmnet”）：没有名为“ glmnet”的软件包

故事的寓意：在服务器上安装多个R版本时保持井井有条！

通过Rscript和nohup运行glmnet时出错

1 个答案: